长非编码RNA在慢乙肝恶性转化免疫炎症网络中的功能研究

During the detrimental transition process of hepatitis B, A1762T/G1764A double mutation is one of the most important mutations accumulated in hepatitis B patients. Researching on the mechanism of HBV double mutaiton selection in the inflammatory environment will facilitate elucidating the mechanism of HBV mutation selection and the mechanism of HCC occurrence and progression. Taking advantage of system biology strategy, this project is designed to integrate expression profiles of lncRNA and mRNA obtained from pair-end RNA-Seq. Through placing lncRNA on the regulational level, we intend to construct the network reflecting the inflammatory phenomenon and select the centric nodes which then will be subsequently subjective to epidemic study of massive population and cell experiments to validate the functions of lncRNA candidates. This project will facilitate discovering the mechanism of HBV mutation selection in the inflammatory envirment, machenism of HCC occurrence and progression and discovering makers of HCC.

在慢性乙肝病毒感染患者体内，HBV病毒会积累大量的变异，其中A1762T/G1764A双突变是慢性乙型肝炎向肝细胞癌转化过程中的重要标志分子事件。研究在免疫炎症环境下产生该双突变的机制和规律，将有助于揭示HBV在炎症环境下变异选择的机制，进而有助于阐明肝细胞癌发生发展的分子机制。本项目拟采用系统生物学策略，通过整合分析lncRNA与mRNA的RNA双端测序表达谱数据，以lncRNA为中心构建HBV变异选择的免疫调控网络，筛选网络中的关键节点分子，以研究A1762T/G1764A双突变在免疫炎症环境下产生和选择机制。通过大规模人群的流行病学研究和细胞学实验探索候选lncRNA在免疫调控网络中的功能、对HBV变异选择的影响和肝细胞癌发生发展及其预后的预测价值。该研究为揭示HBV在免疫炎症环境中变异与选择的机制与规律，为研究肝细胞癌的发生发展原理以及肝细胞癌早期筛查分子标志物的发现奠定基础。

HBV慢性感染是我国重要公共卫生问题之一，85%-90%的HCC 与HBV感染有关。HBV基因组上A1762T/G1764A双突变是HBV中频率较高的突变之一，因此，本课题研究了以下几个方面的内容：1. ASC、CHB、LC与HCC四个阶段中双突变与野生型的样本相比，发生了显著改变的通路与生物学过程。2. 各个阶段中双突变与野生型相比，哪些lncRNA或基因差异表达，这些差异表达分子在各个阶段中是否存在交集。3.在大规模验证人群中，针对差异表达的lncRNA或基因进行独立验证。4. 在任务书之外，通过T细胞免疫组库测序，在各个阶段中，研究双突变是否会影响样本的免疫状态。. 我们从收集的外周血单核白细胞（Peripheral Blood Mononuclear Cell，PBMC）样本中筛选了23个样本进行转录组测序。通路富集分析的结果显示，在ASC、CHB、LC与HCC各个阶段，双突变都会对免疫应激反应（或干扰素应激反应）相关通路产生显著扰动。值得注意的是，这些免疫相关的通路在四个阶段的富集结果中全部排名第一。这一结果非常符合我们的科学假设。在转录组测序数据的差异表达分析中，我们筛选到了HLA-DRA在CHB、LC和HCC三个阶段中，HBV双突变样本中其转录水平都显著高于HBV野生型样本。在独立验证实验中，这一结果可以在CHB中得到重复。在任务书之外，针对T细胞受体的免疫组库测序结果表明，在各个阶段，双突变没有显著改变样本的T细胞免疫状态。