蛋白质折叠、催化机制及其他功能相关动力学

结合统计物理中新的构象空间采样、全局优化方法、生物信息学方法、并行与分布式计算等手段，在不同层次的物理模型基础上发展研究蛋白质体系的新方法，并对其进行研究。具体内容包括：发展量子力学/分子力学模型和链优化方法，研究两个酶的复杂反应路径等；基于原子水平的模型，结合REMD分子动力学、增强采样、靶引导、分布式计算等多种手段，预测蛋白质三级结构，刻画折叠能量面，研究其折叠机制，和功能相关的大尺度构象运动等；发展兼顾折叠速度和模型精细化的全原子Go模型，对几个典型蛋白进行研究；发展氨基酸水平的模型，研究细胞内环境、分子伴侣等对折叠的影响，研究蛋白质寡聚体的折叠等；此外，尝试发展生物信息学和原子模拟相结合进行蛋白质结构预测、序列设计的方法。总之，通过结合多种手段，对不同层次的蛋白质模型进行研究，推动酶动力学、蛋白质折叠机制、大尺度构象运动、蛋白质寡聚体等的研究，加深对蛋白质体系的认识。