中国代表性啮齿目及其他类小动物携带病毒的病毒组学研究

As the reducing geographic and ecological separation and the increasing interaction frequency between humans and animals, approximately 75% of human emerging infectious diseases (EIDs) originate from wildlife directly or via certain intermediate hosts. Hence, meaningful information afforded by the understanding of the viral community present in wildlife, as well as the prevalence, genetic diversity and geographical distribution of these viruses, is essential for the prediction, prevention, and control of wildlife-born EIDs. Rodents, the largest group of mammalian species widely distributed through the world, are considered natural reservoirs of a large variety of viruses including many important zoonotic viruses. Here, based on the pharyngeal and anal swab samples collected from small animal individuals of representative species under the order Rodentina, Lagomorpha, and Soricomorpha in twenty provinces in China, virome analysis will be conducted by using sequence-independent polymerase chain reaction (PCR) amplification, next-generation sequencing, and sequence similarity comparisons. Further more, the genetic variation and evolution, the geographical distribution, and the virus-host co-evolution characteristics of these viruses will be analyzed. these results will provide basic informations for both virological research and the prevention and control of rodent-borne EIDs.

已有研究数据显示，百分之七十五的新发突发传染病均为动物源性。当前，随着人类活动的加剧，野生动物与家禽家畜和人类的接触愈发密切，动物源性病毒突破物种屏障引发传染病的风险也越来越高。由于动物源性病毒引起新发突发传染病与动物宿主携带病毒的遗传多样性、分子进化和变异特征以及宿主适应性密切相关，因此，获得动物携带病毒的病毒组学基础数据，并在此基础上研究动物携带病毒的进化和变异规律，对于动物源性传染病的预警和防控就显得尤为重要。作为第一大类哺乳动物，啮齿目动物是被证实是很多传染病病毒的自然宿主。本研究旨在以我们前期采集得到的覆盖我国多地域多物种的以啮齿目动物为代表的小动物样本为基础，利用二代测序技术研究这类动物呼吸道和消化道携带病毒的病毒组特征，并在此基础上研究其遗传进化和变异规律、地域分布特征和和与宿主间的协同进化关系，在提供基础病毒学研究数据的同时，为新发突发传染病的预警、溯源和风险评估提供支撑。

已有研究数据显示，百分之七十五的新发突发传染病均为动物源性。当前，随着人类活动的加剧，野生动物与家禽家畜和人类的接触愈发密切，动物源性病毒突破物种屏障引发传染病的风险也越来越高。由于动物源性病毒引起新发突发传染病与动物宿主携带病毒的遗传多样性、分子进化和变异特征以及宿主适应性密切相关，因此，获得动物携带病毒的病毒组学基础数据，并在此基础上研究动物携带病毒的进化和变异规律，对于动物源性传染病的预警和防控就显得尤为重要。作为第一大类哺乳动物，啮齿目动物是被证实是很多传染病病毒的自然宿主。本研究在以我们前期采集得到的覆盖我国和东南亚老挝泰国和柬埔寨三国多地域多物种的以啮齿目动物为代表的小动物样本为基础，利用二代测序技术研究这类动物呼吸道和消化道携带病毒的病毒组特征，并在此基础上研究其遗传进化和变异规律、地域分布特征和和与宿主间的协同进化关系，在提供基础病毒学研究数据的同时，为新发突发传染病的预警、溯源和风险评估提供支撑。