志贺菌基因组中的小开放阅读框(sORF)的识别和研究

近年来基因组序列数据飞速增长，但基因组注释仍然主要依赖于计算机软件的预测，而其可靠性正越来越受到质疑。尤其是对于小开放阅读框（简称sORF，一般指长度小于100氨基酸的ORF），由于其编码区域小、统计特征不明显、且容易产生偏差等固有的特点，使得它们非常难以通过软件进行准确的预测。而另一方面，sORF在很多方面具有的重要功能，正使其受到越来越多的关注。本研究拟采用寡聚核苷酸芯片和质谱为主要技术手段，结合生物信息学的系统分析，同时在转录水平和翻译水平对志贺菌基因组中的sORF进行系统的识别。然后采取基因敲除等手段对一些新发现的sORF进行功能探索。这样不仅可以进一步完善志贺菌的基因组注释，并可能发现新的功能基因。而且还可以探索出一套系统的识别细菌基因组中的sORF的技术路线和方法，从而可以为最终解决基因组中sORF的识别问题奠定基础。