基于全基因测序框架下合并艾滋病感染对结核病耐多药菌株进化和传播作用的研究

1.We try to test the whole molecular sequencing of multi-drug resistant tuberculosis (MDR-TB) genomes in HIV positive and negative HIV patients in a province with high TB/HIV co-infection disease burden, Guangxi to analyze the differences of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) of accumulated mutations in the multiple-drug resistant genomes, and understand the SNPs; we use other referential MDR-TB strains sources to establish the phylogenetic evolutionary tree and infer the phylogenetic evolution of M strain in the terminal branches with different HIV status; .2.We will re-construct the transmission network with using Bayesian model optimized for MDR-TB, release the MDR-TB transmission relationship in community level;.3.Compare the SNPs and the mutation rate for MDR-TB genomes in different stratification of HIV status, HIV phases and CD4 lymphocyte count in the transmission network to demonstrate the impact of HIV co-infection on the MDR-TB drug-resistant genomes transmission, mutation transmission and the MDR-TB transmission dynamic, explore the relationship of MDR-TB transmission. We like to use the results of this research to predict the MDR-TB transmission trend in Guangxi to provide the data-based evidence to stem MDR-TB transmission.

1.研究结核病/艾滋病双重感染高负担地区不同艾滋病感染状态下耐多药结核病患者(Multidrug-resistant TB, MDR-TB)耐多药结核分枝杆菌耐药基因全基因组序列，确定耐多药菌株变异基因核苷酸多态性;利用其它来源参考株构建核苷酸系统进化树，推断项目地区不同HIV状态下MDR-TB进化关系；.2.利用贝叶斯数学模型构建不同HIV状态下MDR-TB耐多药基因的传播网络；明确MDR-TB的传播关系；.3.比较艾滋病阳性组和阴性组，不同艾滋病分期以及不同CD4淋巴细胞计数分层的MDR-TB耐多药菌株变异基因核苷酸多态性,以及耐多药变异基因在传播网络的传递率，阐明合并艾滋病感染以及不同分层特征是否对MDR-TB耐药基因传播、耐药进化速率及MDR-TB传播动力产生影响，并探讨其传播关系；对合并艾滋病感染的MDR-TB流行趋势进行预测，为阻断MDR-TB传播提供证据。

耐多药结核病随着HIV疫情的上升呈现增多现象，两者之间存在正相关。本课题开展艾滋病感染状态下耐多药结核病患者(Multidrug-resistant TB, MDR-TB)耐多药结核分枝杆菌菌株全基因组序列测定，确定耐多药菌株变异基因核苷酸多态性，阐明不同HIV状态下MDR-TB进化关系；利用贝叶斯数学模型构建不同HIV状态下MDR-TB耐多药基因的传播网络；明确MDR-TB在社区水平的传播关系。结合运用流行病学分层分析、风险分析等技术手段，对耐多药结核病和HIV疫情之间的关系进行研究。MDR-TB的空间分布流行病学研究，以及和SNPs的关系等研究内容正在积极进行。综合发表的论文的结果，本研究为HIV-促进了MDR-TB的发生发展提供了新的视角，并在分子水平为两者之间关系的研究提供了重要的探索。项目资助发表论文5篇，其中SCI论文3篇，中文核心期刊论文1篇，科技期刊论文1篇。课题资助了1名博士研究生，将于2022年6月毕业。项目投入经费30万元，已支出15.005万元，已签署合同，待支出8.576万元。各项支出基本与预算相符。剩余经费12.355万元，将继续用于本项目MDR-TB空间流行病学与全基因测序追踪HIV-MDR-TB传播研究，以及HIV-MTB耐药表型与转录组RNA关系分析的后续研究支出。