DNA羟甲基化（hmC）识别信息的研究

DNA去甲基化是目前表观遗传学研究的热点，目前认为DNA甲基化/去甲基化途径应该存在一套识别体系。2009年Science杂志发表的研究成果显示TET1能够氧化甲基化DNA（mC）为5-羟甲基化的DNA（hmC），为DNA去甲基化途径的研究开辟了新的思路。本项目拟建立DNA亲和层析的方法，根据TET家族Chip-seq结果预测到的DNA基序（motif）、文献报道中使用的DNA序列、以及随机的DNA序列，设计多条DNA片段，筛选DNA羟甲基化（hmC）的识别复合物。本项目旨在寻找DNA去甲基化的过程中关键蛋白及复合物，研究DNA去甲基化过程的识别和信息传递，揭示DNA去甲基化影响染色质结构的分子机制和对转录调节的信息传递网络，为相关疾病基因分析提供。项目前期已证明该方法的可行性，并用部分DNA序列筛选到两个羟甲基化DNA特异性蛋白，接下来将继续完成筛选、候选蛋白的确认及项目后续研究工作。

申请人运用DNA亲和层析筛选了羟基化DNA（hmC）识别复合物，这些蛋白经体外重组表达后显示与hmC均有不同程度的结合，但是动力学常数都较弱。申请人随即调整了实验方案对若干能够识别甲基化修饰的ALKBH家族蛋白以及能够结合DNA的含有PWWP结构域的蛋白进行细胞内复合物的纯化，实验结果虽然没有做出DNA去甲基化的线索，但是意外的发现了含有PWWP结构域的ZMYND蛋白能够通过识别H3.3K36me3调节RNA剪切，特别是内含子延滞，这一发现在国际上尚数首次，该文章投递到nature杂志，编辑和审稿人均给予积极评价，目前在补充数据准备重新投递回编辑部。