胃癌组织中9p21区基因缺失与胃癌预后相关性的研究

肿瘤的发生是一个多基因参与和多阶段累积致癌的复杂过程，涉及到遗传学和表观遗传学的改变,包括基因缺失、获得、扩增和重排等。本项目拟研究胃癌部分基因缺失与胃癌预后的相关性，进一步明确胃癌的发病机制以利于胃癌的临床诊断和临床治疗。前期实验中已经通过arrayCGH的方法筛选出胃癌组织中9p区缺失的基因，针对胃癌缺失的基因，下一步将重点研究其与胃癌病例临床参数和预后的相关性。然后从DNA，mRNA和蛋白水平进行验证与胃癌进展的相关性。目前首选的基因是染色体9p21片段的MTAP、CDKN2A、CDKN2B以及C9orf53，拟通过real-time RCR，FISH和免疫组化等实验来进行验证。总之，我们拟进行以下工作:(1)进一步通过real-time PCR，FISH和免疫组化等方法进行验证；(2)9p21区MTAP、CDKN2A、CDKN2B、C9orf53基因的联合缺失与预后相关性的分析。

肿瘤的发生是一个多基因参与和多阶段累积致癌的复杂过程，涉及到遗传学和表观遗传学的改变。本项目应用arrayCGH方法检测了胃癌组织（129T+22N）中基因拷贝数的变化，结果显示癌旁正常组织中基因拷贝数基本正常，而在肿瘤组织中显示了大部分染色体结构紊乱，其中基因扩增集中在8p, 8q, 20p, 20q, 7q, 13q, 1q, 19q, 3p和3q染色体。19 p, 22q, 14q, 19q, 8p, 9p24, 9p, 4q等染色体片段上呈基因缺失状态。进一步分析筛选发现8p11，8q21和20q11-13片段基因扩增与胃癌预后相关，二者扩增胃癌患者预后差，8q及20q处代表性基因MYC, SRC联合检测对胃癌患者预后更有意义；另外9p21和11p15基因缺失也与患者预后相关，包括CDKN2A，CDKN2B，MTAP和C9orf53等基因。通过QuantiGene 2.0 Plex（QGP) Assay方法替代real-time PCR对多个DNA因子与生存的关系进行验证。由于引进了此更高通量的方法，本项目实施过程中除待验证的因子CDKN2A，CDKN2B，MTAP，C9orf53外，另外加入筛查出的其它与预后相关的因子，包括MYC, SRC, TNFRSF11B, ESRP1, CCNE2, MMP9, CSE1L等。首先通过QGP的方法验证与aCGH相关样品中以上因子DNA水平的相关性，结果显示CDKN2A，CDKN2B，C9orf53相关性较好，此外，其它因子中与预后相关的位于8q21-24处MYC, TNFRSF11B, ESRP1, MMP9和CSE1L基因相关性较好。我们在另外384例胃癌的独立队列中进行了验证：结果显示9p区缺失基因与预后相关性较差，8q24处扩增基因MYC, TNFRSF11B与胃癌患者预后相关，高拷贝患者胃癌预后最差。二基因联合检测与胃癌TNM分期，T分期及N分期相关，是胃癌的独立预后因子。此外，二者联合检测对于远端胃癌预后效果更佳。总之，本项目筛查了胃癌扩增及缺失片段，并分析了其与胃癌预后的关系，经验证结果显示8q24处MYC, TNFRSF11B扩增与胃癌预后相关，二者联合检测可以很好的预测胃癌的预后，尤其是远端胃癌。