生物分子构象自由能变化研究

复杂分子不同构像之间的自由能变化一直难以计算，我们尝试利用优化路径的思想，为解决这一问题提供可行方案。通过附加合理的约束势函数，并采用高效结构优化算法，在多肽链特定状态之间建立平滑路径，继而进行基于路径积分方式的自由能计算，该方法可以有效避免传统计算过程中严重的原子结构重叠现象，大大提高自由能计算的成功率，同时改善计算结果的收敛性。这对于分析复杂分子的构象自由能变化是一次十分有意义的尝试；在新提出的自由能计算方法的辅助之下，分析不同二级结构的相对稳定性，以及该数值对环境温度的依赖关系，总结多肽链稳定机制。