基于可变串联重复序列的溶藻弧菌基因分型及基因组多态性研究

溶藻弧菌在海水和各类海产品中分布广泛，具有引发大规模食源性中毒事件的潜在危险，同时可导致多器官组织的感染，给渔民和海上作业人员的健康带来一定威胁。然而目前溶藻弧菌的各方面研究还不够深入，尤其是基因分型及基因组多态性研究更是鲜有报道。本研究拟在前期研究的基础上探索以下科学问题：1）利用生物信息学方法对完成测序溶藻弧菌12G01和40B基因组中的VNTR位点进行分析和筛选,以获得适用于分型进化研究的多态性位点；2）应用所选位点对收集的地域分布广阔的多样性菌株进行多位点VNTR分析，探讨溶藻弧菌各基因型的地域分布特征和遗传进化关系；3）建立基于VNTR技术的溶藻弧菌基因分型系统和鉴定溯源数据库，积累数据，用于由溶藻弧菌引起食物中毒事件的病原菌溯源调查和流行病学监控。本研究拟对溶藻弧菌进行系统的基因分型，为流行病学调研提供分子基础和数据参考，具有一定的科学意义和应用前景。

溶藻弧菌在海水和各类海产品中分布广泛，具有引发大规模食源性中毒事件的潜在危险，同时可导致多器官和组织的感染，给渔民和海上作业人员的健康带来一定威胁，而目前国内外对溶藻弧菌的研究，尤其是基因分型及基因组多态性研究报道不多，因此针对流行病学监控和溯源的需求，有必要对溶藻弧菌进行基因组多态性的研究，积累多样性数据，为溶藻弧菌引起感染的鉴定和溯源奠定基础。.本课题的研究内容包括：1）收集地域分布广泛的多样性溶藻弧菌；2）在完成全基因组测序的溶藻弧菌ATCC 17749基因组中查找VNTR位点，探讨位点特征及分布规律，在此基础上筛选获得适用于分型溯源研究的多态性位点；3）应用所选位点对收集的地域分布广阔的多样性菌株进行多位点VNTR 分析，建立基于VNTR 技术的溶藻弧菌基因分型系统和鉴定溯源数据库，积累数据，用于由溶藻弧菌引起食物中毒事件的病原菌溯源调查和流行病学监控。.针对于上述三项研究内容，课题组均获得了重要数据和结果。经过4种鉴定方法的筛查，本研究先后收集了224株溶藻弧菌，其中211株环境菌株来自中国东海、南海、渤海、黄海四大海域，印度洋和太平洋的部分海域，东南亚的部分海域，其余13株分离自海产品、江水和病人的感染标本。随后针对菌株的规范化保存我们又设计了海洋细菌的管理查询软件。通过对ATCC17749基因组中VNTR位点的查找，分布特征及多态性指数的分析，经过2次筛选，获得了18个精选位点进行实验菌株的聚类分析，将224株菌大致分成6支，每个分支中的菌株具有一定程度的地域相似性，虽然有少量菌株不能准确地聚类到相应地域的分支，但已经可以在一定程度上反映地理分布特征。通过本项目的研究，我们获得了18个适宜进行分型溯源研究的精选VNTR位点，以及大量的多样性数据，将对溶藻弧菌引发规模性感染的溯源提供数据支持，具有一定的科学意义和应用前景。