蛋白质与核酸对接的计算模型研究

蛋白质-核酸间相互作用与识别对细胞中的分子生物学机理研究，计算机辅助药物设计和复合物结构预测都具有重要的意义。蛋白质与核酸的相互作用非常复杂，因此分子模拟需要考虑其特点有针对性的构建模型。本项目旨在通过蛋白质-核酸对接方法的研究探索蛋白质-核酸间相互作用与识别的机制。我们将针对分子对接方法的两个难点：打分函数和分子柔性展开研究。通过复合物结构分析，构造新的氨基酸-碱基成对势函数，结合课题组前期发展的多种打分方法，设计适合于蛋白质-核酸对接不同阶段评价的打分函数。构象搜索将综合考虑分子柔性和计算效率，发展多阶段的蛋白质-核酸分子对接方法，并结合短时间的分子动力学模拟进一步考虑蛋白质和核酸分子的柔性。该项目将为揭示蛋白质-核酸相互作用机理提供有益探索。