蛋白质-蛋白质对接的计算模型研究

生物细胞是一部精密的高速运转的微型机器，这部机器的重要组件包括蛋白质和核酸等等。组件之间的高选择性相互作用是维持这部机器运转的原动力，其中至关重要的是蛋白质-蛋白质相互作用。本项目采用计算机模拟的方法研究蛋白质-蛋白质相互作用。近年来这方面已经成为国际上一个热点研究领域并有重要进展。然而，有两个技术性问题始终困扰着大家。一个是筛选/计分方法的有效性，另一个是处理蛋白质结构的柔韧性问题。我们将利用计算结构生物学的工具如分子动力学模拟来研究蛋白质-蛋白质相互作用。针对筛选/计分方法的有效性问题，我们将通过广泛测试选用最适合的分子力场及统计能量公式，并融合我们自己独创性的分子间特征距离。针对蛋白质结构的柔韧性问题，我们将利用分子动力学和其它先进的方法来解决。最后对挑选的相互作用模式，我们将用分子动力学进行优化。通过对这两个难点问题的针对性攻关，我们期待在蛋白质-蛋白质相互作用的预测上有重要突破。