核酸与小分子相互作用中的打分与对接研究

核酸是重要的药物作用靶标。目前以核酸为靶标的药物分子设计技术进展较慢，不能满足日益增长的基于核酸靶标的药物研究需求。打分和对接是药物设计中最基本和常见的问题，本课题拟发展一种通用精确计算核酸-小分子相互作用自由能的方法（打分），以及发展一种核酸-小分子快速精确对接的方法（分子对接），以此开展以核酸为靶标的药物设计方法的研究、探讨核酸与小分子相互作用机理。为了解决可用实验数据少的难点和提高精度，将利用目前较先进的DFIRE算法[1,2]和我们最新发展的自由旋转（free-rotating）和自避（self-avoiding）链模型[3]等思路来发展基于统计平均势的通用打分函数。分子对接算法拟基于我们最新的PSI-DOCK算法[4]发展，并进一步提高精度和速度。新对接算法还将同时计算受体分子和配体分子在结合过程中的柔性运动。