LINC01420基因与系统性红斑狼疮发病机制相关性研究

Systemic lupus erythematosus(SLE) is a predominantly female autoimmune disease. Based on previous genome-wide association study of SLE, we have selected 34 suspicious SNPs on X chromosome and performed validation study in 2,658 SLE cases and 2,870 healthy controls. Subsequently, we discover a new susceptibility gene(LINC01420) in Xp11.1 for SLE.In order to determine the function of this gene and reveal its roles in the pathogenesis of SLE in Chinese Han populations, we propose to conduct a series of comprehensive molecular biology methods, such as Western-Blot, qRT-PCR, FISH, RNA pulldown, Protein pull down, immunofluorescence, double report gene, shRNA, transgenic animal model, to explore the biological function of LINC01420 at expression level, cells level and animal model. This study will not only enhance the current understanding of the genetics of SLE and elucidate the disease pathogenesis, but also provide a new theoretical basis for prediction, diagnosis and treatment of SLE.

系统性红斑狼疮是一种以女性为主的自身免疫性疾病。本课题组在前期SLE全基因组关联研究的基础上，对X染色体上的34个可疑SNP位点在2,658例SLE病例和2,870例健康对照中进行了基因分型验证研究，在Xp11.1的长链非编码RNA LINC01420基因上发现一个新的关联信号与SLE易感性密切相关。为明确该基因在中国汉族人群SLE发病中的作用，本研究拟采用Western-Blot、qRT-PCR、FISH、RNA pull down技术、蛋白质pull down技术、免疫荧光、双报告基因、shRNA技术、转基因动物模型等技术，在基因表达水平、细胞水平及动物模型等不同层面对该基因的功能进行研究，并进一步探讨LINC01420基因在SLE发病中的作用，为SLE的发病机制、风险预测和诊断治疗提供新的理论基础。

系统性红斑狼疮（SLE）是一种以女性为主的自身免疫性疾病。本课题组前期在Xp11.1的长链非编码RNA LINC01420基因上发现一个新的关联信号与SLE易感性密切相关。本项目旨在基因表达水平、细胞水平等不同层面对LINC01420基因的功能进行研究，探讨其在SLE发病中的作用。.通过实时荧光定量技术（RT-PCR）检测LINC01420在SLE患者及健康对照PBMC细胞中的RNA表达水平，发现LINC01420在患者组中高表达。患者组与对照组相比有1040个基因表达上调和1106个基因表达下调，信号通路富集分析显示差异基因主要富集在JAK/STAT、粒细胞发育调控等相关信号通路。采用ssGSEA方法分析SLE的PBMC的免疫特征，显示Th17细胞在SLE的发病过程中有关键作用。生物信息学分析表明基因LINC01420确实不编码蛋白，进一步证实其为长链非编码RNA。通过核浆分离的方法，证明该长链非编码RNA主要在细胞质中表达，其表达量约是细胞核内的4倍。通过分子克隆的方法成功构建LINC01420基因的过表达载体，结合软件构建其shRNA，为后期功能获得性与缺失性研究打下基础。.此外，我们还进行了SLE易感基因探索和相关基因功能方面的研究：（1）在全基因组范围内系统地搜寻与SLE相关的功能性编码变异，发现4个新的SLE易感基因（LCT，TPCN2，AHNAK2和TNFRSF13B），这些基因参与多个免疫应答和刺激反应相关通路。（2）收集60例SLE患者和62例正常对照，检测外周血中PRKCB mRNA的表达，发现SLE患者PRKCB mRNA水平显著升高。（3）开展GWAS研究确定了SLE的3个新基因座：KIT，GPR78和TRAPPC11。其中，KIT是酪氨酸激酶受体，在细胞分化和免疫细胞存活中起关键作用。（4）验证UHRF1BP1基因（rs13205210）与SLE之间的关联性，SLE患者PBMC中的UHRF1BP1 mRNA表达水平显著降低。Rs13205210对来自患者的PBMC中的UHRF1BP1基因具有表达定量性状基因座效应。（5）对汉族人的lncRNA基因位点中的SLE风险变异进行了全基因组扫描，鉴定出新的易感基因座SLEAR，该基因在体外具有调节细胞凋亡作用，其表达水平与SLE患者的细胞死亡相关。以上结果为SLE遗传学发病机制研究提供了新的视角。