结合疾病易感位点挖掘策略与目标区域测序技术识别中国人群炎症性肠病的致病变异

The candidate gene studies and genome-wide association studies (GWAS) of inflammatory bowel disease (IBD) have identified many genetic variants and susceptibility genes. So far, we have researched and reviewed all the published meta-analysis studies about IBD in the PubMed database. Although we observed that some genetic variants may have different risks of IBD in different ethnic groups, the majority of these variants are shared across diverse ancestry groups, which were consistent with the conclusions of European researchers about a large-scale GWAS study across diverse populations. However, compared with Europe, America, and other developed countries, it is lack that the genome-wide association studies and immunochip studies about IBD in our country. The study progresses slowly about identifying susceptibility loci of disease. In order to understand the pathogenesis of IBD in Chinese population, we integrate the results of the candidate gene studies and GWAS studies, and identify all the genetic risk variants for IBD. Then we will develop a database for analyzing and annotating IBD-related genetic variants. Furthermore, we will carry out portability studies across populations, and explore the IBD susceptibility loci in Chinese. Finally, combining with targeted sequence technology, we will deep mining pathogenic variants of inflammatory bowel disease in Chinese population. This study may provide an important help for the diagnosis and treatment of IBD in Chinese population.

炎症性肠病(IBD)的候选基因研究与全基因组关联研究(GWAS)鉴别了许多遗传风险变异和易感基因。课题组前期收集并整理了PubMed数据库中已发表的IBD相关Meta分析文献，注意到尽管不同人群之间遗传变异的风险性及意义有所不同，多数已知的遗传风险变异在不同群体中是共享的，这与近期欧洲一个大规模跨人群的GWAS研究结论一致。与欧美等发达国家相比，我国缺乏IBD的全基因组关联研究和免疫芯片研究，目前疾病易感位点识别研究进展相对缓慢。为了深入理解中国人群IBD的发病机制，我们整合候选基因研究、GWAS和免疫芯片研究的结果，全面挖掘IBD相关的遗传风险变异，构建高质量的IBD遗传变异生物库。进一步开展人群可移植性研究，探寻中国人群IBD易感位点区域，并结合目标区域测序技术，深层次挖掘中国人群IBD致病变异，为我国IBD疾病的诊断和治疗提供重要的帮助。

炎症性肠病（IBD）是一组慢性肠道炎症的总称，该病严重影响患者的生活质量，带给患者及家庭沉重的经济负担，急需早期的疾病风险评估和预警。本课题从遗传变异识别出发，基于循证医学理论挖掘炎症性肠病相关的遗传风险变异，同时开展了多组学整合分析策略的遗传变异与转录组、DNA甲基化等相关的炎症性肠病风险因素识别研究。.课题组基于循证医学理论整合了候选基因研究、GWAS研究、免疫芯片研究数据信息，全面挖掘IBD相关的遗传风险变异，识别了47个基因上的67个高可靠的IBD遗传风险变异，鉴定了中国人群9个基因上的11个SNPs位点的关联关系。同时，获得了全基因组测序数据的232个IBD风险SNPs，以及疾病相关的表达数量性状位点作为功能调控关系补充。在此基础上，构建了基因型对应的个体患病风险参数和多SNPs发病风险的遗传评估模型。.多组学整合分析策略可以有效识别炎症性肠病相关的致病风险因素。我们使用生物信息判别决策方法构建不同组学数据的调控关系，获取了克罗恩病相关的功能驱动基因123个、溃疡性结肠炎功能驱动基因385个，同步开展了GO功能注释和KEGG通路富集分析以及网络分析。另外，我们开展了自身免疫疾病的遗传和表观数据的共享机制研究，以及肠道疾病中炎症性肠病和结直肠癌之间的分子特征比较。.课题组将遗传变异与表观遗传进行深度融合，开发了EWASdb数据库，收录了包含克罗恩病和溃疡性结肠炎在内的复杂疾病表观组关联研究以及相应的KEGG通路注释信息。.另外，我们还开展了全基因组单体型关联分析结合基因优化策略识别复杂疾病易感基因的研究，并将该策略应用于急性骨髓性白血病和非小细胞肺癌研究，为从遗传角度进一步挖掘疾病发病机制提供了新的视角。.综上所述，本课题围绕IBD遗传变异以及其功能实现展开了一系列研究，提出和应用的多种统计算法和生物信息学手段，开发的工具平台都有很好的研究意义和潜在的应用价值。