云南省丙型肝炎病毒遗传多样性及其进化差异研究

高度的核酸变异性和由此造成的遗传多样性是丙型肝炎病毒的主要特点，也是药物疗效差和疫苗研制困难的根本原因。不同类型HCV传播行为与进化的差异，则导致HCV基因型/亚型具有明显的地区、人群、时间分布特性。本项目拟在前期研究已阐明云南省HCV多基因型/亚型分布特点的基础上，采集现时段样本，进行HCV基因序列测定与分析，确定云南省主要流行基因型及其变异特点，发现新的基因型/亚型/重组型，阐明HCV的遗传多样性；通过同源性比较和进化分析，明确主要流行基因型的进化特点，推测其传入时间、来源地点，并科学预测云南省HCV基因型分布的变化趋势及其对全国HCV传播与流行的影响。本研究把常规HCV病毒核酸序列测定分析技术与"朔祖"理论及"进化分子钟"分析方法相结合，将从"现时"HCV遗传多样性、"历史"传播行为和"将来"流行趋势等不同层面，为云南省乃至全国丙型肝炎的预防控制策略的制定提供研究依据。

在本课题的支持下，研究组通过广泛合作，分别从大理（527）和昆明（150）静脉吸毒人群中得到HCV感染者血浆样品共计677份，以HCV 5’NCR 和NS5b 区作为主要分型区段，确定了该人群的HCV基因型和亚型的分布。发现该人群呈现出以HCV3b为主1b、3a为辅，6型复杂多样的流行态势。利用NS5b区段为目的序列，进行HCV主要流行基因型3b、1b、3a和6n型内差异度，和进化分析（进化速率、起源时间、起源地），发现不同基因型的起源时间、起源地以及感染人群的爆发时间各不相同。.确定了云南省泸西县及昆明市的720名普通人群中近超过30%的HCV高感染率。经肝功生化指标与病毒载量等病毒学指标比较发现，肝损伤与AST、ALT和AKP等生化指标的升高直接相关，但与HCV病毒载量不相关。在云南省普通人群中HCV感染者中，HCV基因型分布主要包括1b、2a、3a、3b和6n五种基因亚型。该HCV基因型亚型的分布与云南地区静脉吸毒人群的相比有明显差异，但HCV 3b和1b基因型为主的流行趋势一致。.选择了不同基因型的HCV单感染患者，在其自然病程中连续采集血样，扩增高变的E2和NS5A区基因区段，多克隆测序并进行准种多样性分析。发现慢性感染者NS5A区准种核苷酸变化主要是由遗传漂变引起的，体内NS5A区变异模式相同，即E2区和NS5A区两个基因区段存在协同进化关系。.对云南省不同人群和不同地区中GBV-C的感染、基因型流行、进化起源以及高清除率的相关机制的研究发现，GBV-C在云南地区高度流行且发现了新的基因型并命名为GBV-C 7型，提出了以E2区序列为基础的基因型分型的新标准；通过对GBV-C进化和起源的研究，阐明了我国和云南地区的GBV-C基因型进化特点和传播路径。.对临床采集的75例HBV感染者血浆样本，进行核酸提取，S区段基因扩增，核酸序列测定与分析，发现云南地区HBV基因型的分布总体与中国大部分地域B、C为主要流行的趋势一致，但仍存在东南亚最新流行的C1、C5与I型，及在中国西北新疆、西藏、宁夏等地曾发现的C/D重组型。此HBV流行与传播态势，可能因贩毒、吸毒，受到东南亚地区主要HBV基因型的影响，并进一步影响中国HBV基因型分布态势。.以上结果初步阐明了HCV、GBV-C及HBV云南省传播、流行与进化情况，为血缘传播病毒性肝炎病原体的预防控制提供了科学依据。