Graves'病定位区域5q31内拷贝数变异的识别及相关性研究

Graves'病(GD)是一种存在家族聚集现象的多基因疾病。以SNPs为标记发现的常见变异只能解释其部分遗传机制，且不能对家族聚集性做出解释。日本学者及本课题组的全基因连锁分析显示5q31与GD的发病连锁，提示该区域存在外显率高的致病变异。我们对5q31的候选基因关联研究及最近对中国人群GD的全基因组关联研究(GWAS)发现了与GD相关的SNPs，但外显率低，不能解释这一区域的连锁现象。拷贝数变异(CNVs)是人类基因组广泛存在的另一种变异形式，遗传性CNVs可能是某些疾病家族聚集性的遗传基础。本课题拟利用前期GWAS芯片扫描结果推算5q31区域的CNVs，并比较其在病例对照之间的差异，对可能与GD相关的CNVs用定量PCR进行验证。筛选得到的GD相关CNVs，在病例对照群体和家系样本中分别验证。期望在定位区域5q31发现外显率较高的CNVs，并对其功能进行研究，阐明GD的家族聚集性现象。

本研究利用全基因组关联研究的方法，研究了常见单核苷酸多态变异（SNPs）中国人群Graves’ 病（甲亢，GD）遗传易感性的影响。在此基础上，分析了连锁定位区域5q31内拷贝数多态变异（CNVs）对GD易感性的影响。.首先，利用全基因组SNPs关联分析，发现了两个新的GD易感区域并验证了四个已报到的疾病相关区域。两个新的关联区域分别位于染色体6q27的RNASET2-FGFR1OP-CCR6基因区域（合并分析P = 6.85×10-10 ）和染色体4p13临近CHRNA9的一个基因间区域（合并分析P = 1.08×10-13 ）。分层分析显示TSHR基因仅与经抗甲状腺药物治疗后TRAb持续阳性组相关（pTRAb+），与经抗甲状腺药物治疗后TRAb转阴组并不相关（pTRAb-）。另外，MHC-I 和II类基因皆与pTRAb+组相关，而靠近HLA-C基因的SNP rs4947296可单独解释pTRAb-组与这一区域的相关性。.其次，利用GWAS芯片扫描结果推算5q31区域的CNVs，并比较其在病例对照之间的分布差异，对关联的CNVs用定量PCR进行验证。通过分析发现IRGM基因附近存在与GD相关的CNVs（P = 3.21×10-5）。用Duplex TaqMan CNV 检测试剂盒，在ABI 7900平台上用Real-time的方法验证了这一结果。相关的CNV是缺失变异。对初筛样本中发现Graves’病相关的缺失变异，在独立的病例对照群体（1500名GD病人与1500名健康对照）进行验证。在患者当中缺失的频率为22.1%，而在健康对照当中缺失的存在率为17.8%，患者缺失的存在率显著高于正常对照(P=0.003)。独立样本的结果与初筛样本的结果一致。结果提示5q31区域的CNVs与GD的易感性相关。