油用亚麻遗传图谱构建及亚麻酸含量的QTL定位研究

关于胡麻遗传图谱构建及其亚麻酸含量的QTL定位，特别是利用杂交后代群体发掘与高亚麻酸含量相关的QTL，国内未见报道。本研究选用高亚麻酸含量品种STS (57.81 %)和低亚麻酸品种LINORA(4.37 %) 进行杂交形成的胡麻重组自交系（RIL）为研究群体，拟在特定的遗传背景下，开展胡麻SSR遗传图谱构建及亚麻酸含量QTL定位的数量遗传学和分子遗传学相关研究，发掘与亚麻酸相关的能够稳定遗传的OTLs位点，旨在从分子水平上揭示控制亚麻酸含量的遗传本质，为今后开展有关分子标记辅助选择育种有关分子标记辅助选择快速、准确地改良该性状、克隆控制亚麻酸含量的基因奠定了理论基础，为育种者提供靶向目标，提高育种效率，加速品质育种进程。

油用亚麻（胡麻）是我国西北和华北干旱、高寒地区重要的油料作物之一。甘肃省胡麻种植面积和总产均居全国首位，在人民群众生活中占有重要的地位。而关于胡麻遗传图谱构建及亚麻酸含量的QTL定位，国内未见报道。.本研究从NCBI数据库中下载了286868条亚麻EST，共检测出符合要求的SSR重复序列4310条，占整个EST数据库的1.50%，其中三核苷酸出现频率最高，占总SSR的40.09%，其次是二核苷酸和四核苷酸，分别占总SSR的24.41%和17.15%。利用PRIMER PRIMER 5.0软件设计引物，总共设计出符合要求的引物697对，去除重复的引物，总共合成410对引物。.采用正交设计L16(45)在4个水平上对影响胡麻SSR-PCR反应体系的Taq酶浓度、Mg2+含量、模板DNA用量、dNTP浓度及引物用量等5个因素进行试验优化，并用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平，建立了胡麻SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明：在20μl的反应体系里，引物浓度为0.2μmol/L，模板DNA 50 ng，dNTP 0.1mmol/L，Mg2+0.5mmol/L，TaqDNA聚合酶0.5U。.采用GBS (Genotyping-by-sequencing)技术构建遗传图谱，通过SNP标记开发，筛选亲本间具有多态性的位点，共获得多态性位点 36,182 个；其中 “aa×bb”型标记类型 24,641 个。提取 232 个子代在上述 24,641 个亲本多态性标记位点的基因型，子代获得的多态性标记数为 24,641 个。筛选基因型至少覆盖所有子代 75%以上的个体的标记，232 个子代中至少有 174 个个体有确定基因型。通过对完整度的过滤，最终获得 10,045 个上图标记。对 这些上图标记进行连锁群划分，不进行偏分离过滤，使用 joinmap4.0，ML（最大似然法），LOD 值设定为 2~20，Kosambi 作图函数。最终上图标记为 2208 个，总遗传距离为 888.549cM，平均遗传距离为0.402 cM。采用R/qtl 软件复合区间作图法（CIM）对群体的亚麻酸含量进行QTL 定位分析，将该性状定位到08 号连锁群上。