齐口裂腹鱼保护遗传学研究

Prenant’s schizothoracin, Schizothorax prenanti (Tchang), is one of the most important cold fish species in China,and it's an important commercial fish distributed through upper reaches of the Yangtze River. There had large amount of wild Prenant's schizothorac in China. However, because of overfishing,building power stations,and water pollution, the nature resource had severely declined in recent years.At present,the resource depletion of Schizothorax prenanti in our country has not been paid enough attention. Because lack of scientific population knowledge，the protection management was out of power at present. In order to guarantee rational development, utilization and protection of this resources,this project will investigate and evaluate Schizothorax prenanti resources, and analyse the morphological character difference for different geographical populations and its population genetic structure, and then ascertain its population genetic diversity.Finally,make relevant reasonable and effective protection measures by inferring the population's vulnerability degree according to the characteristics of the genetic diversity .

齐口裂腹鱼（Schizothorax prenanti）是我国重要的冷水鱼类之一，为我国长江上游名贵经济鱼类。我国曾有丰富的齐口裂腹鱼野生资源，然而近年来，由于过度捕捞、修建电站、水体污染等导致齐口裂腹鱼野生资源遭到严重破坏，种群数量急剧下降。目前，我国特有的齐口裂腹鱼资源的衰竭还未得到足够的重视,对齐口裂腹鱼的种群动态变化、遗传多样性无完整、科学的信息,其资源没有得到科学合理的管理和保护。为了合理开发利用和保护齐口裂腹鱼资源，本项目将对齐口裂腹鱼的资源进行调查和评估，分析不同地理种群形态性状差异，分析其种群遗传结构，探明齐口裂腹鱼群体遗传多样性，并依据遗传多样性的特点推测种群的脆弱性程度，制定合理有效的保护措施。

齐口裂腹鱼（Schizothorax prenanti）是我国重要的冷水鱼类之一，为我国长江上游名贵经济鱼类。为了合理开发利用和保护齐口裂腹鱼资源，本项目对齐口裂腹鱼的资源进行调查和评估，分析其种群遗传结构，探明齐口裂腹鱼群体遗传多样性。本项目主要结果如下：1）通过对齐口裂腹鱼资源的调查和评估，发现我国齐口裂腹鱼资源在长江干流及其支流正在快速衰竭。2）对健康齐口裂腹鱼脾脏组织的转录组进行了测序分析，采用Illumina Hiseq2500 平台的双端测序技术，从脾脏转录组中获得了48,517条转录本，将这些转录本进一步组装成N50长度为2,539bp的unigenes 37,785个。大部分unigenes（35,653，94.4%）被成功注释到非冗余核酸序列数据库（nt），非冗余蛋白质数据库（nr），Swiss-prot，基因本体论数据库（GO）和东京基因和基因组百科全书（KEGG）数据库中。3）利用齐口裂腹鱼转录组测序数据开发了简单序列重复（SSRs）和单核苷酸多态性（SNPs）两种分子标记。从37,785个unigenes中共鉴定了7,998个SSRs，857,535个SNPs以及53,481个插入缺失（InDels）。随机选择了位于免疫相关基因中的33个SNP位点进行分型，通过Sequenom MassARRAY技术共获得其中20个位点的多态信息。4）研究测定了长江上游4个齐口裂腹鱼野生群体（重庆巫溪、重庆城口、四川雅安、四川阿坝）共104个个体的线粒体Cyt b基因部分序列，以探讨齐口裂腹鱼野生群体的遗传多样性和遗传结构。结果表明：在104个个体Cyt b序列中共检测到43个多态性位点，25个单倍型。4个齐口裂腹鱼群体的单倍型多样性介于0.704~0.884，核苷酸多样性介于0.007~0.012。群体间Kimura双参数遗传距离介于0.008~0.017，其中四川雅安群体与四川阿坝群体间遗传距离最近，基因交流频繁。重庆城口群体与四川雅安群体间遗传距离最远，基因交流受阻。AMOVA分析表明，齐口裂腹鱼的遗传分化主要来自群体内部，且组群间、组群内群体间和群体内存在显著的遗传分化。中性检验得到Tajima's D和 Fu's Fs的值不显著，且歧点分布图呈多峰，表明长江上游4个齐口裂腹鱼野生群体未经历过种群扩张。