候选基因法筛选杂色鲍生长SNPs及其与性状的关联分析

杂色鲍是我国南方主要的鲍养殖种，但经过二十多年人工养殖，杂色鲍生长速度减慢养殖周期延长的问题日益突显。生长相关基因和分子标记的研究对于速长杂色鲍新品种的培育具有十分重要的意义。本研究拟采用候选基因法，从以下几个方面开展研究：1）基于杂色鲍早期发育阶段454表达文库中的EST信息，分离克隆杂色鲍IGF-I和MNK基因的cDNA全长和基因组DNA序列；2）通过基因在不同组织和不同发育阶段的时空表达分析，RNAi干扰技术的基因表达抑制分析，外源表达技术的基因过表达分析进行杂色鲍IGF-I和MNK基因功能的初步验证；3）采用HRM、SSCP分型方法，应用毛细管电泳和直接测序技术检测SNP位点，筛查与生长相关的SNP标记，分析各标记在不同群体中的基因频率和分布差异；4）测定杂色鲍不同选育群和家系的生长性状，进行杂色鲍SNP标记与生长性状的关联分析。本研究将为杂色鲍的标记辅助育种提供重要依据。

杂色鲍是我国南方主要的鲍养殖种，但近年来生长速度变慢、养殖周期变长的问题日益突出，生长相关基因和分子标记的研究对于速长杂色鲍新品种的培育具有十分重要的意义。本研究基于杂色鲍转录组文库的信息，分离克隆了杂色鲍MAPK互作激酶（MNK）、胰岛素相关多肽受体（IRR）以及成纤维细胞生长因子受体（FGFR）三个基因的cDNA全长和基因组DNA序列，采用qPCR以及荧光原位杂交等方法，对三个基因的生物学功能进行了初步验证，同时筛查出5个与生长密切关联的SNP位点。具体的研究结果如下：. 1）qPRC以及全胚原位杂交的研究结果表明，MNK和IRR基因在幼体各发育阶段和各组织中均广泛表达，其中，MNK基因在胚胎发育时期表达量较高，IRR基因在稚贝中表达量最高。而FGFR基因在幼体各发育阶段几乎不表达，到稚贝期才开始大量表达，FGFR基因在杂色鲍鳃和外套膜中表达量最高。. 2）选取222只杂色鲍成体，分别测量壳长、壳宽、壳高、壳重、全重和腹足重等生长性状，在Illumina Miseq1500平台上进行双端250bp的高通量测序，利用Illumina Amplicon Viewer 1.3.0进行基因分型，对222只杂色鲍个体各生长性状与位点基因型进行相关性分析。比对分析结果发现，MNK基因的A2000C位点与生长密切相关，A2000C的CC型个体壳长、壳宽、壳重、全重、腹足重等值均高于另外两种基因型个体；IRR基因的G4535T、A4760T、A23942G三个位点与生长密切相关，位点G4535T的GG型个体、位点A4760T的AA型个体以及位点A23942G的AA型个体的壳长、壳宽、壳高、壳重、全重、腹足重等值均高于另外两种基因型个体；FGFR基因的T17571G位点与生长密切相关，T17571G的TT型个体的壳长、壳宽、壳重、全重、腹足重等值均高于另外两种基因型个体。. 3）基于杂色鲍的转录组数据库信息，在14691个contigs中发现了9019个SNPs和Indels。经过滤分析，最后得到112个有SNP的contigs，共348个SNPs，并采用Blast2GO将这些SNP在Gene ontology(GO)上注释，今后，我们将进一步验证这些候选SNP与杂色鲍经济性状的相关性。