基于生物信息学方法及RNA-Seq策略探索创伤弧菌sRNA及功能研究

创伤弧菌是一类革兰氏阴性条件致病菌，易引起人类败血症和伤口感染，具有较高的致死率。目前，针对创伤弧菌调控及致病机制研究多集中在蛋白水平，而忽略了非编码小RNA（sRNA）在基因调控中所起的重要作用。为此，我们拟以创伤弧菌为研究对象，开展以下工作：①采用生物信息学方法构建细菌sRNA预测模型，对创伤弧菌进行sRNA预测；②采用RNA-Seq策略检测创伤弧菌感染过程中差异表达基因，获得相关sRNA；③用Northern blot验证上述两种方法获得创伤弧菌sRNA，并对其进行功能注释，初步探索创伤弧菌感染过程中基因调控机制。该工作的开展不仅有助于我们发现、识别具有重要调控功能的创伤弧菌sRNA，为进一步研究该菌系统进化、调控方式及致病机制奠定基础，也能为其他细菌sRNA的发现和功能研究提供技术支持和借鉴。

创伤弧菌是一种革兰氏阴性条件致病菌，易引起人类败血症和伤口感染，致死率较高。虽然其已有其致病分子机制相关研究，但是基于创伤弧菌sRNA的识别鉴定尚未开展。细菌sRNA是细菌基因组中一类50-500nt的小调控RNA（small regulatory RNA, sRNA），它们通过与细菌靶标mRNA或蛋白结合，在细菌的转录调节、RNA 加工与修饰、mRNA 稳定性与翻译、蛋白质降解、质粒复制和细菌感染等方面发挥重要作用。我们采用生物信息学预测和转录组测序的方式，①发现59个asRNA，102个trans RNA和1431个5’UTR调控元件；②对sRNA进行靶标预测和注释；③确定16个创伤弧菌sRNA在弧菌中具有保守性。我们还对部分sRNA进行了实验验证。同时，我们收集了文献中实验证实的细菌sRNA靶标，更新构建了数据库sRNATarBase。该工作的开展，不仅为创伤弧菌sRNA后续功能研究奠定了基础，还为其他细菌sRNA研究提供了借鉴和数据支持。