小耳畸形重要候选基因的分子遗传学研究及功能标记开发

As one of the major body surface malformations, the incidence of microtia is about 5.18/10 000 and gradually increases. Quite a number of causes of microtia are heredity, however the molecular mechanism is still unclear. On the basis of collecting great amount of microtia patients, our study will classify various types according to the different phenotypes. Then major candidate genes of microtia will screen to search mutations which are found in patients and are related to the causes of microtia. Stastic significant difference will compared between the microtia group and normal people to test the correlation of genotype and phenotype. If we don't find the mutations that lead to alternation of coding amino acid, we will carry out the typing of SNP. After pretreatment of check test using MAF and HWE, single point SNP and haplotype correlation analysis between the two groups will proceed. Specific labels that represent the high risk of microtia by choosing the specific SNPs and haplotypes. With these labels the typing of microtia can achieve high flux and rapid detecting through the technique of Sequenom MassARRAY. In sum our reserch will provide theoretical basis and technique platform for early warning of microtia.

小耳畸形为重大体表畸形之一，发病率约5.18/万且呈逐年增高趋势。小耳畸形中有相当一部分可由遗传性因素所致，但目前相关的分子病因研究尚不完善。本课题在大量收集小耳畸形病例样本的基础上，拟通过对其特征性表型的样本群进行表型归类，对可能存在的一系列致病基因进行筛查，寻找可能引起患者表型的、且只在患者中存在的碱基改变，通过与正常对照人群进行比较以验证其基因型-表型联系的统计学显著性。对于检测到的未引起编码蛋白质改变的SNP进行基因分型，根据MAF和HWE检验结果SNP位点预处理后，进行单点关联分析和单体型分析，选择能够代表小耳畸形相关SNP或单体型的特征性SNP，作为小耳畸形发生风险评估的标记。通过Sequenom MassARRAY基因分析工具，实现基因分型高通量、快速检测，为小耳畸形的病因预警评估奠定理论基础和技术平台。

小耳畸形为重大体表畸形之一，发病率约5.18/万且呈逐年增高趋势。小耳畸形中有相当一部分可由遗传性因素所致，但目前相关的分子病因研究尚不完善。本课题实施过程中，收集了约1100例小耳畸形病例，均进行了详细的耳部检查，心电图，胸部CT，通过对其特征性表型的样本群进行表型归类，初步揭示了中国人群小耳畸形及其伴发畸形表达谱特征。其中小耳畸形伴发胸廓畸形这一独特表型，为国际首次报道。针对各种不同的亚表型，对可能存在的一系列致病基因进行筛查，寻找可能引起患者表型的、且只在患者中存在的碱基改变，通过与正常对照人群、数据库进行突变位点与疾病的相关性分析。首要基因检测选用候选基因筛查策略，包括hoxa1,hoax2,evc2,fgf3,qdpr,hmx1,nkx3.2基因，主要采用传统的sanger法PCR扩增测序，本研究首次发现中国散发单纯性小耳畸形hoxa2基因的一个位点改变。针对广泛基因，本研究主要采用外显子测序结合功能分析的方案，发现一些基因频率在小耳畸形群体发生率较高，其相关的动物模型和更多样本的验证目前正在进一步进行。本研究共发表文章9篇，培养研究生3名，收集整理了我国宝贵的小耳畸形疾病资源，为其病因预警评估奠定理论基础和技术平台。