基于转录组学和血清蛋白质组学包虫病诊断标志物的筛选及其免疫应答机制的研究

Echinococcosis remains a major parasitic disease in the world. Lack of effective vaccines and reliable diagnostic techniques makes this disease difficult to control at present. In an attempt to discover useful candidates for the diagnosis of Echinococcosis, proteomics in combination with western blotting were employed in this study. Furthermore, the host immune responses to these candidates were studied to evaluate these candidates in the diagnosis and therapeutic effects of echinococcosis .

包虫病仍然是世界性的主要寄生虫疾病，有效的疫苗和理想的诊断技术的缺乏可能是导致包虫病难以控制的主要原因。本研究旨在利用血清蛋白质组学技术筛选包虫病诊断候选分子，并进一步评估它们在包虫病诊断和疗效考核中的表现以及测试它们免疫宿主后的宿主免疫应答反应,为包虫病诊断奠定理论基础。

包虫病仍然是世界性的主要寄生虫疾病，有效的疫苗和理想的诊断技术的缺乏可能是导致包虫病难以控制的主要原因。本研究对细粒棘球绦虫成虫和原头蚴样本采用高通量转录组测序技术（RNA-Seq）进行转录组序列，将得到的转录组序列和全基因组序列进行比对，把所得的转录组序列定位到基因组上。2个细粒棘球绦虫成虫分别得到44226360、44368700条reads，对应的4个细粒棘球绦虫原头蚴样本分别得到44376100、44525560、44358740和44533120条reads。样本转录组序列比对率(mapping ratio)为47.87%~66.45%。经比对细粒棘球绦虫成虫和原头蚴间存在共有的差异表达基因为4090个，其中包括2368个表达一致上调的基因、1722个表达一致下调的基因。对细粒棘球绦虫成虫和原头蚴间存在共有的4090个差异表达基因进行GO富集性分析，从分子组成、细胞过程和生物学功能三个层面对差异表达基因参与的生物学功能进行分析，其中生物学过程包含22个功能组，分子功能包含21个功能组．细胞组分包含20个功能组。通过KEGG信号通路富集性分析，我们发现差异表达基因富集到105条信号通路上。与细胞代谢、基因信息、环境以及人类疾病密切相关。继而采用无参De novo拼接，共得到88259条Unigene。序列长度主要分布在300～3 000 nt之间，长度大于3 000 nt 的序列数量有11549 条，占总序列数量的9.8％。unigene 序列数量随着序列长度的增加而平缓逐步递减，平均长度为536bp，GC 含量为44．87％。注释的匹配率为90.19%，对细粒棘球绦虫成虫和原头蚴基因组数据库是一大补充。采用iTRAQ技术CE患者术前术后血清及健康人血清特异性差异蛋白组分，发现在CE患者之间、CE患者和健康人之间筛选鉴定了一些差异表达蛋白，如F11、APOA1、GPX3、PRDX1、ITIH4、HGFAC、FGβ等。这些差异表达蛋自能否作为CE患者血清诊断生物标志物还需要进一步的研究证明。同时首次对细粒棘球绦虫成虫和原头蚴转录组数据库中可能的可变剪接事件进行分析，为进一步探讨基因表达调控对细粒棘球绦虫从原头蚴生长发育至成虫阶段的影响提供理论基础，为进一步寻找药物作用靶点奠定基础。