基于结构Motif方法的蛋白质与DNA相互作用研究

研究蛋白质与DNA相互作用对于理解大分子之间的作用关系以及药物的设计等都具有十分重大的意义.当前的研究多是基于序列层次上的，对于实践的指导作用不明显.与序列相比，蛋白质结构具有更加保守的特性，本项目拟从结构分析的角度研究蛋白质与DNA的相互作用关系.首先采用计算智能方法对已知的蛋白质和DNA的复合体分类，对于每一类蛋白质在多结构比对的基础上挖掘其结构Motif，而后通过这些结构Motif与PDB中已有的蛋白质对应。这样对于给定的DNA,可根据与其作用的蛋白质结构Motif在PDB中找出能够与其相互作用的蛋白质候选集。同时，本项目还将对具体问题如蛋白质分类、多结构比对、结构Motif挖掘等进行算法的开发和改进。本项目的研究成果不仅对于生物及制药等领域具有巨大的现实意义，而且其研究思路和方法将为其它相关计算生物学的研究带来启发作用。