黏菌代表种的DNA标识区段及遗传多样性的研究

选择重要的黏菌代表物种，以生物信息学技术分析已知的粘菌序列，根据比对结果确定合适的分子标记作为针对粘菌物种的通用的DNA标识区段，设计引物扩增测序不同供试黏菌物种的DNA标识区段，初步建立黏菌DNA条形码数据库，验证DNA标识区段的准确性和有效性。采集粘菌广布的代表种的不同地理居群，进行分子标记的引物筛选和扩增条件优化，采用ISSR或（和）AFLP进行遗传多态性研究，通过相似性计算和比较，分析居群间的遗传分化，根据Shannon多态性信息指数、Nei's基因多样性指数、多态性位点数（N）、多态性位点百分率（P）、观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、基因流指数（Nm）等，分析居群的遗传结构。根据所掌握的黏菌不同DNA区段的序列或者分子标记，进行相似性系数的聚类分析，从分子水平探讨对供试黏菌物种在形态分类学和系统演化上的疑问或争议的解释或处理意见。

选择核糖体转录单元内间隔区（ITS）、细胞色素氧化酶基因（COX1）、蛋白质合成延伸因子基因（EF1-α）、肌动蛋白基因（actin）和微管蛋白基因（β-tubulin）作为黏菌DNA barcode备选基因，扩增、克隆和测序获得了7种黏菌ssu rDNA的9条序列、7种黏菌ITS的8条序列、8种黏菌COX1的8条序列、6种黏菌EF1-α的10条序列、7种黏菌actin的7条序列和7种黏菌β-tubulin的7条序列，所获得基因序列数量达GenBank中黏菌基因总量的1/3，其中5种黏菌的ssu rDNA序列、7种黏菌的COX1序列、3种黏菌的EF1-α序列、7种黏菌的actin序列、7种黏菌的β-tubulin序列、7种黏菌的β-tubulin基因序列为目前GenBank尚未记录的黏菌基因的新序列。采用TaxonGap软件比较了actin、COX1、EF1-α、ITS、ssu rDNA和β-tubulin在黏菌种内和种间的差异，采用MEGA和EXCEL软件比较了actin、COX1、EF1-α和β-tubulin在黏菌种间和种内的分布频率与遗传距离，采用最大似然法（ML）构建了系统发育树，通过分析，并考虑PCR引物通用性和扩增成功率，最终确定COX1和actin两个基因作为黏菌的DNA barcode，为建立黏菌的DNA条形码数据库奠定基础。.在黏菌的物种多样性研究上，确定了西藏黏菌5目8科22属75种1变种，其中52种1变种为西藏初次记述；青海黏菌为5目8科22属36种1变种，其中19种为青海初次记述；贵州黏菌有6目9科21属51种，其中44种为贵州初次记述。叶生钙丝菌Badhamia foliicola Lister、齿孢团毛菌Trichia crenulata (C. Meyl.) Bull.、格斑双皮菌Diderma roanense、白鳞钙丝菌Badhamia iowensis T. Macbr.和红柄发菌Comatricha erythropodia B. Ing为中国新记录种。还明确中国热带地区现知黏菌为6目13科35属160种；中国目前已知绒泡菌属黏菌93种，为世界已知绒泡菌属物种总数的68.9%；中国目前已知双皮菌属黏菌24种，为世界已知双皮菌属物种总数的33.3%。