ET方案作用关键基因遗传变异对luminal A 型乳腺癌化疗疗效的影响及作用机制的研究

ET regimen plays a vital role in neoadjuvant chemotherapy of breast cancer. Luminal A subtype breast cancer represents around half of all breast cancers, while shows lower sensitivity and stronger personnel difference to ET regimen, compared with other subtypes. In this study, at first we will confirm the key genes affected by ET regimen based on the expression and mutation data in CellMiner database. And then, the potent functional genetic variants will be identified by 1000 Genomes Project or other database. At last, we will test the association between genetic variants of key genes affected by drugs in ET regimen and drug effect, and elucidate the functional mechanism by a series of chemical assays.

蒽环类联合紫杉类的方案是对乳腺癌有显著疗效的新辅助化疗的标准方案。luminal A型乳腺癌占全部乳腺癌的近50%，但新辅助化疗的效果低于其他分子亚型，同时存在显著的个体差异。本项目以蒽环类和紫杉类药物为出发点，以新辅助化疗为模型，以国际公布的细胞系耐药研究的数据库对应药物的基因表达和突变数据为依托，以1000 Genomes计划的遗传变异数据为参照，采用关联研究结合分子机制研究的研究策略，寻找影响luminal A型乳腺癌化疗疗效的个体遗传变异，并阐明其作用机制。

研究背景：新辅助化疗能减低肿瘤分期，提高生存获益，蒽环和紫杉类药物是新辅助化疗的标准方案。但并非所有病例能从标准新辅助化疗方案中获益，有效率在60%左右，个体遗传差异影响化疗药物的敏感性及疗效。本研究旨在探索与乳腺癌新辅助化疗疗效相关的遗传变异的分子生物学研究，阐明遗传变异影响个体疗效的分子机制。.研究内容：从cellminer下载药物反应基（Gene transcript levels），511个基因（epirubicin：284个基因，docetaxel：228个基因），通过1000 Genome 找到基因及其上游5kb范围内MAF>0.05的SNPs，通过ANNOVAR找到最有可能具有功能的位点，运用Plink 连锁分析去掉R2>0.8的SNP，得到候选SNPs（14个SNPs），运用Plink 连锁分析去掉R2>0.8的SNP，得到候选SNPs（14个SNPs）。第1阶段纳入231例乳腺癌新辅助化疗患者进行分析，将筛选得到的SNP进行分型并进行关联分析，挑出阳性位点，第2阶段纳入195例乳腺癌新辅助化疗患者进行阳性位点的验证。最后，在乳腺癌细胞系中验证其功能：通过eQTL报告基因实验，将敲降或过表达目的基因的乳腺癌细胞系，经过蒽环及紫杉类药物处理后，通过细胞的凋亡检测检测该基因功能。.结果：新辅助疗效预测方面：与rs1925368 CC 基因型携带者相比，CG或GG基因型携带者化疗疗效显著增加1.6倍(OR=2.60,95%CI=1.03-6.59)；与rs10747780CC基因型携带者相比，CT或TT基因型携带者化疗疗效显著减低(OR=0.48, 95%CI=0.24-0.96)。rs6484711 CG及GG 基因型促进ABTB2基因的表达，而ABTB2的过表达增加细胞系对蒽环类药物的耐药性，从而使疗效降低。化疗毒性预测方面：发现rs1925368与骨髓抑制的毒性反应显著相关，与rs1925368 CC 基因型携带者相比，CG或GG基因型携带者显著降低骨髓抑制的风险(OR=0.33, 95%CI=0.11-0.98)；所有位点与消化道毒性的发生风险均无显著相关(P>0.05)。.结论：乳腺癌新辅助化疗患者中存在相关基因位点遗传变异，影响新辅助化疗的疗效及毒性。