水稻抗病基因的多样性及分子进化

根据植物R基因特征性的保守结构, 依靠搜索、分析工具软件（如blast等）对已有公共数据库（如GenBank等）进行挖掘。在两个品种水稻（japonica 和indica）的整个基因组范围内最大限度地获取R基因的类似序列，经Pfam等判读确定R基因。选取有代表性的R基因在亲缘关系较远的其他多个水稻品种中进行扩增、克隆和测序。综合上述所有水稻R基因及其同源序列，借助Sequencher、Dnastar、PAUP、Dnasp等软件将获取的R基因排列、分析，归纳为不同的基因类型和基因家族，分析它们核苷酸序列和氨基酸序列的变异，计算和比较不同的水稻品种、基因类型和基因家族中R基因的大小、数量、分布及重组方式等，选用适合的量化指标，如π、Ka/Ks、dn/ds、nP/sP和nF/sF等，分析R基因的多样性,揭示R基因的进化规律，为水稻R基因多样性的保护和利用提供科学依据，为高效培育抗病水稻提供指导。