基于串线的3-维蛋白结构预测的新技术研究

本项目计划研制一种新的基于串线技术的3-维蛋白结构预测的计算方案。传统的基于串线的蛋白结构计算技术只能利用碱基(residue)水平的信息，而忽略了原子（侧连）水平的信息。虽然在过去的十年里基于碱基水平的结构预测在计算方面取得了较大进步，但在预测精度方面给我们提出了新的挑战。为了跟上结构和功能基因组研究的快速发展，迫切需要新的更高精度的结构预测技术。为此，我们正在研究一种新的串线技术以充分利用原子水平的信息来提高预测精度，最终实现碱基和侧连同时地被准确定位。着重考虑如下几个方面：1、研究适合碱基和侧连同时定位的更有效的能量函数；2、研究新的计算策略以最小化上述能量函数，并实现碱基和侧连同时定位，即确定被测氨基酸序列和蛋白结构平台间的最优有序配对，以及每个碱基的侧连和平台可达构型位置间的最优定位；3、评估新的能量函数和算法来证实侧连在结构预测中的有威力；4、设计编辑软件，搭建网络服务平台。