长链非编码RNA和染色质互作的系统性研究

Evidence shows that long non-coding RNAs (lncRNAs) regulate cell growth, differentiation, cancer and other important biological processes through lncRNA-chromatin interactions. Therefore, to understand which lncRNAs interacts with which regions on chromatin and doing what kind of regulation is essential to study the biological mechanisms of how lncRNAs regulate gene transcription. This project will develop novel experimental and bioinformatics methods, using next generation sequencing technology to precisely detect chromatin enriched lncRNAs from the entire transcriptome, and thereby systematically study the lncRNA-chromatin interaction. Implementation of this project will help us to a clearer, deeper and more comprehensive understanding of the important role of non-coding RNA in basic biology, and expand its application in clinical treatment and other aspects.

证据表明，诸多长链非编码RNA 通过与染色质的相互作用，调控基因转录并由此调节着细胞发育、分化、癌变等重要的生物学过程。因此了解哪些长链非编码RNA结合在染色质的哪些位点以及起着怎样的调控作用，对于研究长链非编码RNA是如何调控基因转录的生物学机制具有非常重要的意义。本项目将开发新的实验和生物信息学的计算分析方法，利用二代测序技术，在全转录组层面筛选出富集在不同染色质状态下的长链非编码RNA，从而系统性的研究长链非编码RNA和染色质的相互作用。同时项目的实施，将有助于我们更清晰、更深入、更系统的了解非编码RNA在基础生物学中的重要作用，并拓展其在临床治疗等方面的应用。

研究表明，诸多长链非编码RNA通过与染色质的相互作用，调控基因转录并由此调节着细胞发育、分化、癌变等重要的生物学过程。因此了解哪些长链非编码RNA结合在染色质的哪些位点以及起着怎样的调控作用，对于研究长链非编码RNA是如何调控基因转录的生物学机制具有非常重要的意义。本项目开发了全新的建库测序技术PIRCh-seq，该技术可利用不同组蛋白抗体或组蛋白修饰抗体，对富集结合在对应区域上的非编码RNA，进行定性和定量分析。我们主要有以下几点发现：1.非编码RNA通过结合到不同状态下染色质区域，发挥不同的调控功能；2.染色质结合非编码RNA具有细胞种类特异性；3.非编码RNA和染色质的结合位点更倾向于单链结构。这些结果为全面研究染色质相关lncRNA的功能以及阐明染色质RNA相互作用的基本机制提供了独特的资源。