野生柑橘与栽培柑橘上衰退病毒株系比对分析

柑橘衰退病毒（CTV）引起的衰退病是全世界柑橘产业的一种极具经济重要性的病害，随着研究领域的深入，已发现不仅CTV在栽培柑橘上发生普遍，而且野生柑橘上也携带CTV。本研究从全国各地收集到的野生柑橘上携带的CTV株系，运用RFLP、SSCP等分子生物学技术分析野生CTV株系组群构成的基础上，明确其与栽培柑橘上CTV分离株组群构成的异同；进一步将测定的野生CTV分离株与栽培柑橘上CTV强弱毒代表株系位于基因组3'到5'端的基因（p23、p20、p13、p18、CP、p27、POL、Helicase、k17）序列进行比对分析，明确野生柑橘与栽培柑橘上CTV株系间的序列差异、遗传变异、进化特点等。通过野生柑橘和栽培柑橘上CTV株系组群构成、强弱毒株系间的序列比对分析，从野生CTV组群中筛选具有潜在交叉保护作用的弱毒株系，为解析CTV的种群进化和弱毒株交叉保护技术的应用提供相关依据。

柑橘衰退病毒（CTV）引起的衰退病是全世界柑橘产区的一种极具经济重要性的病害，随着研究领域的深入，发现CTV在栽培柑橘上发生普遍，野生柑橘上也携带CTV。为明确野生柑橘与栽培柑橘上CTV分离株的组群构成及序列比对特征，本研究对从我国不同省份收集到的野生柑橘上的CTV分离株，应用RFLP、SSCP组群构成分析发现野生柑橘上CTV分离株主要以CP/HinfⅠRFLP单一组群株系构成，而栽培柑橘上CTV分离株以多组群的株系混合发生为主，野生柑橘上CTV分离株构成的主要组群同栽培品种上的主要组群相似，以第3组群和第1组群为主。来自云南野生柑橘上的CT-W4分离株经分析属于CP/HinfⅠRFLP第4组群，正在进行指示植物验证其弱毒性。序列同源性分析表明，野生柑橘上CTV基因组的3’端的序列同源性较高，保守性较强，5’端的序列变异较大，同栽培柑橘上CTV基因组的序列变异情况相一致，从基因组的3’端到5’端同源性逐渐降低，遗传变异逐渐增大。碱基含量表明，分析的野生柑橘和栽培柑橘上的CTV分离株碱基GC含量小于AT含量，以T结尾的密码子使用频率较高，GC含量低反映序列的突变率较小。野生柑橘和栽培柑橘上CTV分离株密码子第一、二、三位的碱基替换具有编码序列的共同特点：密码子第三位的碱基替换数最多，其次为第一位，最少是第二位，转换数多于颠换数。分析的野生柑橘和栽培柑橘上CTV分离株的9个基因片段序列间的非同义突变（dN ）均低于同义突变（dS）（dN /dS<1），表明9个基因片段在进化过程中承受着净化选择。从构建的野生柑橘和栽培柑橘上CTV分离株9个基因片段核苷酸序列的MP系统进化树，发现具有相同症状的分离株聚类在同一簇上，来自我国不同省份的野生柑橘上的CTV分离株并未在进化树中聚类在同一簇，而是分散在不同的分支中，同国内外栽培品种上的CTV分离株聚类在一起，推测致病性可能与CTV的进化紧密相关。研究结果明确了野生柑橘上CTV分离株同栽培品种上CTV分离株间组群构成的异同及序列差异，为解析CTV的种群进化提供了重要依据。