肺表面活性物质相关基因变异与新生儿呼吸窘迫综合征发病的研究

Foreign study revealed that there are functional variants existing in pulmonary surfactant (PS) associated gene and these variants have been important cause of severe neonatal respiratory distress syndrome(NRDS).The features of these variants are of low frequency, diversity and ethnic/racial difference. Surfactant protein B (SFTPB）,surfactant protein C（SFTPC）and ATP binding cassette member A3 (ABCA3) are three key genes associated with PS. Our preliminary study on these 3 key genes (using next generation sequencing platform) succeeded to find that Chinese population carried various functional variants and, to some extent, these variants presented ethnic/racial characteristic. Base on preliminary work, we will continue using high throughput next generation sequencing platform plus target region capture technology to resequence coding exons of these three target genes in a cohort of case-control (NRDS and control) .Our aim is to find functional variants which contribute to NRDS in our country and how the frequency they are, use collapsing statistics method to analyze the relationship between gene and disease and identify the relative common variants in NRDS.This study will be the foundation of further investigation of PS associated gene variants and establishing criteria of diagnosis and therapy in PS associated gene variant.

国外研究已发现肺表面活性物质（PS）相关编码基因存在变异并且是导致严重新生儿呼吸窘迫综合征（NRDS）的重要原因。PS相关基因变异的特点为低频、多样和种族特异性。表面活性蛋白B（SFTPB）、表面活性蛋白C（SFTPC）和ATP连接盒转运子A3 (ABCA3)是PS相关基因中的3个关键基因，我们的前期研究通过第二代测序技术对我国人群开展该3个基因外显子深度测序，成功地检测出我国人群携带具有一定民族特异性的多种功能性变异。本研究将在前期研究基础上，采用病例-对照研究，以SFTPB、SFTPC和ABCA3为目的基因，通过目标区域捕获技术富集目标序列，应用高通量第二代测序平台对目的基因外显子进行深度测序，寻找我国NRDS中PS相关基因的功能性变异并了解变异频率，应用collapsing统计方法分析基因与疾病的关系，鉴别我国常见的变异形式，为进一步开展该领域研究和制定科学的基因诊疗方案奠定基础。

国外研究已发现肺表面活性物质（PS）相关编码基因存在变异并且可导致严重新生儿呼吸窘迫综合症（RDS）。PS 相关基因变异的特点为低频、多样和民族特异性。表面活性蛋白B（SFTPB）、表面活性蛋白C（SFTPC）和ATP 连接盒转运子A3(ABCA3)是PS 相关的3 个关键基因，我们前期研究应用第二代测序技术对我国人群开展该3个基因外显子深度测序，成功检测出我国人群携带有一定特异性的多种功能性突变。本研究在前期研究的基础上，采用病例-对照研究，以胎龄大于32周的早产儿RDS150例（病例组）、胎龄接近的非RDS150例（对照组）为研究对象，以SFTPB、SFTPC 和ABCA3 为目的基因，通过目标区域捕获技术富集目标序列，应用高通量第二代测序平台对目的基因外显子进行深度重测序，寻找功能性突变，并通过Sanger测序对突变进行基因型验证。结果显示：共检出7种功能性突变（其中CHPT1的F162S由于高频分布予以剔除），均为杂合突变。ABCA3对照组发现2种突变（V337M，I1383M），SFTPB病例组和对照组各发现1种突变（分别为P391R和D137H），SFTPC发现2种突变，R81C见于病例组2例和对照组1例，R35H见于对照组1例。应用Collapsing方法合并突变并统计分析发现：①三种基因中的突变在病例组和对照组均无统计学差异，②ABCA3基因的人群携带率（1.33%），最小等位基因频率（0.67%），与前期研究一致。研究结果提示该三个基因在中国广西南部地区早产儿人群中突变频率极低，对疾病的发生不构成主要的致病因素；与美国密苏里人群相比，广西局部地区人群的突变携带率低，存在种族差异。. 此外，对ABCA3、SFTPC同时进行单核苷酸多态性和单体型与患病风险的研究，结果提示：ABCA3单体型TGGAG在病例中显著高于对照组，推测该单体型可增加早产儿RDS的患病风险。SFTPC单倍体频率与患病风险在不同胎龄段有所不同，在小于32周的早产儿中，单体型GCAA可能是RDS发病的保护因素,单体型ACCG和GAAA可能是BPD发病的保护因素,ACAA可能是BPD发病的危险因素；在大于32周的早产儿中，单倍体频率在RDS组与非RDS组无统计学差异，提示单体型与患病风险无关。.以上研究已发表SCI收录论文两篇，其他研究结果正在总结和论文撰写中。.