用于评估肺鳞状细胞癌预后的分子细胞遗传学标志和基因筛选研究

Nowadays the clinical outcome of patients with lung cancer is mainly predicted according to clinical stage. However the prognosis can be different among patients with the same stage. So far, there are no molecular cytogenetic markers that can effectively predict patients' outcome. In our previous study, we compared molecular cytogenetic differences between high-risk (died in 2 years after operation) and low-risk (survived over 5 years after operation) patients with squamous cell lung cancer (SCC) using array-comparative genomic hybridization (array-CGH) analysis. 41 chromosomal fragments as a whole were identified to effectively separate high-risk group and low-risk group. Among the fragments, loss of 3p21.31 and 4q35.1 and gains of 5p13.2, 14q32.33 and 19p13.11 were more frequently detected including 13 genes. Based on these results, we decide to apply Affymetrix SNP 6.0 array analysis to further investigate genomic copy number variations (CNV) and loss of heterozygosity (LOH) in an independent sample group and emphasize on identifying key genes on 3p21.31, 4q35.1, 5p13.2, 14q32.33 and 19p13.11. In this project, we aim to select some genes/fragments as molecular cytogenetic markers, of which gain or loss can predict patients' outcome, in order to guide SCC clinical treatment.

目前对肺癌患者预后评价仍然依据临床分期，但即使相同临床分期的患者也会存在生存状况的差别，至今尚无有效预测肺癌患者预后的分子细胞遗传学标志。在前期工作中我们利用aCGH技术针对肺鳞状细胞癌高危（＜2年内死亡）和低危（＞5年生存）病例肿瘤组织分析结果显示，41个染色体片段可以将高、低危患者区分开来，并且以3p21.31、4q35.1的缺失以及5p13.2、14q32.33、19p13.11的扩增改变尤为显著，并从中筛选出这五个片段所涵盖的13个基因。本课题将在此基础上采用遗传学改变分辨精确度更高的Affymetrix SNP 6.0芯片技术，在独立大样本中对肺鳞癌组织进行全基因组拷贝数及Array-CGH所不能提示的杂合性缺失等进行分析，并重点对前期结果进行验证，试图筛选出一组有鉴别意义的扩增（或缺失）基因作为评估肺鳞癌预后的分子标志，为后续基因相关功能研究、临床预警预后和指导治疗提供依据。

目前对肺癌患者预后评价仍然依据临床分期，但即使相同临床分期的患者也会存在生存状况的差别，至今尚无有效预测肺癌患者预后的分子细胞遗传学标志。前期工作aCGH技术针对肺鳞状细胞癌高危（＜2年内死亡）和低危（＞5年生存）病例肿瘤组织分析结果可以将高、低危患者区分开来，并且以3p21.31、4q35.1的缺失以及5p13.2、14q32.33、19p13.11的扩增改变尤为显著，并从中筛选出这五个片段所涵盖的13个基因。本课题将在此基础上采用遗传学改变分辨精确度更高的Affymetrix SNP 6.0芯片分析技术，在独立样本中进一步探索进行全基因组拷贝数变化分析及Array-CGH所不能提示的杂合性缺失（LOH）分析，并重点对上述5条染色体3p、4q、5p、14q、和19p遗传学改变及相关基因进行验证。初步探索性研究结果显示SNP芯片技术在LOH层面难以达到分组病例共性特点的筛选研究目的，在一定程度上为相关后续研究提供了可供参考的信息。对于所前期结果所筛选出的十几个基因RT-PCR验证结果则显示SLC1A3基因与预后因素相关，后续可考虑选择FISH方法进一步筛选基因验证。