我国狂犬病病毒种群划分系统的建立

China has a second highest incidence of rabies in the world, and more than a thousand human deaths were reported annually in recent years, ranking of the top three of legal reported infectious diseases in China. It is a key step that knowing the lineage division and genetic and evolutionary characteristics of rabies virus in prevention and control of rabies. Although the molecular epidemiology of rabies virus has been wildly analyzed and researched, there are some problems in these researches, such as no uniform standard for lineages division and naming, naming confused, the same strain clustered different lineage by different researchers, which are very disadvantageous to the summary classification and the dynamic monitoring of rabies epidemic lineages. Therefore, this project, based on the lots of strains already collected by our lab, will continue to collect many rabies specimens from different regions or different hosts, then will learn a clear taxonomic position of Chinese rabies virus in the world by the molecular phylogenetic analysis using MrModeltest, BEASTv1.8 bioinformatics software. Moreover, a Chinese rabies virus lineage division system will be established, including the standard of lineage division, naming conventions and representative strains of each lineage. The establishment of Chinese rabies virus lineage division system will facilitate the collaborative dynamic monitoring in nationwide, and provide scientific data for the prevention and control in local regions with rabies reemergence even in national wide.

我国是全球狂犬病第二高发国家，近年人狂犬病死亡病例数保持在千例以上，居我国法定报告传染病死亡人数前三位。了解狂犬病病毒种群归属及时空进化特征是预防控制狂犬病的重要环节，虽然我国狂犬病病毒的分子流行病学分析已广泛开展，但病毒种群的分群标准不统一、命名规则混乱，同一毒株被不同研究者归属为不同的种群，不利于我国狂犬病病毒的汇总归类和种群动态监测。鉴于此，本项目在已有毒株信息的基础上，继续收集不同地域分布和宿主来源的狂犬病病毒资源，通过基于病毒基因序列的生物信息学MrModeltest、BEASTv1.8等软件的分子进化分析，明确我国毒株在世界范围内的分类学地位，继而建立包括分群标准、命名规范及代表毒株等要素在内的我国狂犬病病毒种群划分系统。全面的中国种群划分系统的建立将有利于在全国范围内实行狂犬病病毒种群的协同动态监测，并为应对我国局部狂犬病的再发流行及全国狂犬病的防控监测提供科学数据。

狂犬病是一种人兽共患的烈性传染病， WHO号召全球2030年前消除狂犬病，我国2018年病例数仍在400例以上，防控压力和难度都很大。了解病原的种群归属及分子进化特征是防控传染病的重要环节，但我国狂犬病分子流行病学研究中病毒种群划分标准不统一、命名规则混乱，同一毒株被不同的研究者归属为不同的种群，非常不利于我国狂犬病病原的系统有序监测和整体可持续性研究。本项目在国家狂犬病实验室病原长期监测的基础上，汇总所有中国狂犬病病毒流行株的背景信息及基因数据，通过科学的分子进化分析，完成我国狂犬病病毒的种群统一划分，并测定各个种群代表毒株的全基因组序列，形成种群划分标准方法，并制定种群命名规则，形成我国狂犬病病毒统一完备的种群划分系统，并实际应用于后续我国不同地域狂犬病病原的动态监测中，为应对我国狂犬病的局部及全国范围的监测及防控提供科学依据。.中国狂犬病病毒基因数据库包括714个毒株，中国毒株可以划分为6个种群，按种群发现的先后依次命名为China I-China VI群，且每个种群的时间、地域、宿主分布特征各不相同。每个种群的代表毒株组成种群划分数据包，方便研究者快速得到新毒株的分群情况。种群命名原则为与已有种群代表株进行系统进化运算，出现新的进化分支，则确立为新毒株群，在已有种群的基础上，继续命名为ChinaVII，以此类推。种群的动态监测结果显示，内蒙古很可能成为国内和国际狂犬病病毒的聚集地，并发展成为中国西部狂犬病传播的潜在门户。西藏已经保持了16年无狂犬病状态，但自2015年以来，每年都有一例人狂犬病病例报告，2017年报告病例与其他所有中国分离株完全不同，首次在我国出现，依据种群命名原则确定为我国第七个种群（China VII群）。.本项目不仅对我国狂犬病病毒做了全面系统的种群划分及特征总结，而且构建了科学统一、易于推广的种群划分系统，方便狂犬病相关研究人员统一命名、无缝对接，更好地实现我国狂犬病防控的效率和目标。