经验分子力场是计算机模拟生物大分子的基础和核心。根据近年来发展起来的快速GB溶剂模型和本人近年来在这方面的探索,我们建议使用更精确的考虑了溶剂效应的量子化学从头算结果来进行与GB溶剂模型匹配的经验力场参数化。该方法包括:(1)利用数值插值的方法,使用量子化学从头算的(φ ψ χ1)三维势能面表示力场中所对应的φ ψ χ1二面角扭转能。(2)根据氨基酸的个性和特性,分组使用不同的势能面。(3)根据量子化学计算的溶剂化能,优化GB半径。该方法可以克服现有力场参数化中出现的一些缺点,提高力场的精度,为今后更准确的模拟生物大分子打下基础。
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数据更新时间:2023-05-31
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