染色体10q23和20p13区域遗传变异与食管癌遗传易感性及其机制研究

食管癌的发生是环境和遗传因素共同作用的结果，但确切的遗传变异尚不明确。最新全基因组关联研究发现染色体10q23和20p13两个区段的多个遗传多态（SNPs）可能是食管癌的重要易感标志，但全基因组关联研究发现的易感位点在不同人群与食管癌发病风险可能存在差异，需要进一步在大样本的人群中进行验证。本研究以此为依据，借助人类单倍型数据库（Hapmap）和中通量基因型检测技术以及其它先进的分子生物学方法，采用大样本的病例对照研究深入探讨①染色体10q23和20p13区段的遗传多态（SNPs）单独或联合与中国人群食管癌易感性的关联；②基因－基因交互作用，基因与环境暴露（如不同吸烟及饮酒状态）之间的交互作用；③该区段相关基因功能性SNP位点的生物学功能（如调控基因表达和蛋白结构、功能等）。

食管癌的发生是环境和遗传因素共同作用的结果，但确切的遗传变异尚不明确。本研究借助人类单倍型数据库（Hapmap）和高通量基因型检测技术以及其它先进的分子生物学方法，采用大样本的病例对照研究深入探讨了1.染色体10q23和20p13区段的遗传多态（SNPs）单独或联合与中国人群食管癌易感性的关联及基因-基因交互作用，基因与环境暴露（如不同吸烟及饮酒状态）之间的交互作用；2.白细胞介素家族相关基因SNPs与食管癌易感性的关联。3.非编码RNA（mirna，lncrna等）基因SNPs与食管癌易感性的关联。4.其它易感基因（如Decoy receptor 3, N-acetyltransferase 2, Caspase8等）SNPs与食管癌易感性的关联。5.功能学研究方面，选择白介素1 rs16944 (C-511T)，白介素12B rs3212227 (3′UTR A>C), 白介素17A rs3819025三个位点进行双荧光素酶报告基因检测，宿主细胞为293T细胞。6.对200例食管癌组织及对应的正常食管组织（作为对照）进行混合样本（每25份肿瘤或正常组织DNA样本，根据其DNA浓度，混合在1个well里面），使用靶序列捕获（使用NimbleGen SeqCap Cancer Panel选择139个与肿瘤密切相关基因的位点）进行二代测序，检测肿瘤组织相对于正常组织的突变基因。以及对3例食管癌组织及其对应的正常食管组织单独进行靶序列捕获二代测序，已得到初步结果，发现一些与食管癌可能相关的突变位点，正准备进一步扩大样本量进行验证研究。7.2014年申请到了国家自然科学基金面上项目： NLRP1和NLRP3炎症小体及下游基因遗传多态与食管癌易感性及其功能学研究（81472332），整个研究有很好的连续性及发展趋势。