蛋白质共价修饰相关序列模体的计算发现

蛋白质的共价修饰在上游酶的催化作用下，可逆的将小分子或小蛋白质分子通过共价键连接到底物蛋白质上，或切断底物蛋白质的主链，调控了蛋白质的转运、细胞亚定位和功能，并决定了细胞的动力学行为和可塑性。蛋白质共价修饰的过程由长度较短的线性模体所介导。蛋白质共价修饰系统通过识别由被修饰的氨基酸残基和两边侧翼序列组成的修饰模体特异性的修饰底物，而修饰系统通过识别底物上特定的修饰依赖或非修饰依赖的结合模体与底物相互作用，为修饰反应提供了附加的特异性。申请人拟在本项目的支持下，结合自己的研究背景，将天文学研究中已成熟的本底过滤算法改进后应用到蛋白质修饰模体和结合模体的发现问题上，利用已知的、实验验证的修饰底物，发现新的、潜在的、具有研究价值的蛋白质共价修饰相关的线性模体，并基于新发现的线性模体预测潜在的修饰底物，构建高性能的共价修饰相关的序列模体发现工具和底物预测工具，最后通过实验学的方法予以验证。

蛋白质的共价修饰在上游酶的催化作用下，可逆的将小分子或小蛋白质分子通过共价键连接到底物蛋白质上，或切断底物蛋白质的主链，调控了蛋白质的转运、细胞亚定位和功能，并决定了细胞的动力学行为和可塑性。蛋白质共价修饰的过程由长度较短的线性模体所介导。蛋白质共价修饰系统通过识别由被修饰的氨基酸残基和两边侧翼序列组成的修饰模体特异性的修饰底物，而修饰系统通过识别底物上特定的修饰依赖或非修饰依赖的结合模体与底物相互作用，为修饰反应提供了附加的特异性。申请人在本项目的支持下，结合自己的研究背景，将天文学研究中已成熟的本底过滤算法改进后应用到蛋白质修饰模体和结合模体的发现问题上，利用已知的、实验验证的修饰底物，发现新的、潜在的、具有研究价值的蛋白质共价修饰相关的线性模体，并基于新发现的线性模体预测潜在的修饰底物，构建高性能的共价修饰相关的序列模体发现工具和底物预测工具。 在本项目支持下，研究团队在Molecular & Cellular Proteomics, Briefings in Bioinformatics，Nucleic Acids Research等国际期刊上发表SCI论文15篇，其中IF>7.0的6篇，累计影响因子83。