基于DNA可编程自组装技术的分子计算研究

Programmable DNA self-assembly developed in research of molecular computing, use DNA molecules to design Wang Tiles which will self-assembly with their sticky ends. DNA molecule self-assembly is not only important in molecular computing, but also have important application prospects in nano-molecular materials, nano-molecular sensors, nano-molecular devices and circuits. The purpose of this project is to execute math four operations with DNA tile self-assembly, with the introduction of the concept of programmable Tile and the Tile construct programmable molecules through DNA strand displacement reaction. By achieving the basis of programming molecular the Tile computing model, combining DNA origami technology, research and explore the large-scale programmable molecular self-assembly method of calculation based on DNA origami. explore the application prospects of DNA tile self-assembly in two dimensions self-assembly of nanomaterials and nanodevices, and apply DNA computing in other bio-inspiring computing models, such as neural computing, membrane computing.

DNA可编程自组装技术是在分子计算探索研究中发展起来的，通过DNA分子Tile的粘性末端互补配对实现Wang Tile自组装过程。DNA分子自组装技术不仅对分子计算的研究有重要意义，同时在纳米分子材料，分子传感器，纳米分子器件及电路研究中有广泛的应用前景。目前DNA可编程自组装存在的主要问题是自组装计算过程的可靠性，以及自组装的可扩展性，本课题拟通过对DNA分子Tile构造及可编程粘性末端特性的进一步研究，引入DNA链置换反应构造可编程分子全处理器Tile，实现DNA分子Tile级联自组装四则运算；在实现可编程分子Tile计算模型的基础上，结合DNA折纸技术，研究基于DNA折纸技术的大规模DNA分子自组装计算方法，探索可编程分子Tile自组装在二维平面自组装纳米材料及纳米器件中的应用；并将DNA分子自组装计算模型应用于其他仿生计算模型如神经计算、膜计算等。

DNA分子计算与可编程自组装技术不仅对分子计算的研究有重要意义，同时在纳米分子材料，分子传感器，纳米分子器件及电路研究中有广泛的应用前景。课题组通过对DNA分子Tile构造及可编程粘性末端特性的进一步研究，在国际上首次提出了非对称Sub tile结构，实现了分子计算Tile的可编程自组装，引入DNA链置换反应构造可编程分子全处理器Tile，实现DNA分子Tile逻辑运算和级联组装四则运算；在实现可编程分子Tile计算模型的基础上，结合DNA折纸技术，研究基于DNA折纸技术的大规模DNA分子自组装计算方法，探索可编程分子Tile自组装在二维平面自组装纳米材料及纳米器件中的应用，发表SCI检索论文21篇，包括Nanoscale(2016，IF: 7.78, 1 区期刊，项目负责人第一作者，已标注)，Soft Matter(2015 ， IF: 4.12, 1 区 期 刊 ， 项 目 负 责 人 第 一 作 者 ， 已 标 注 ) 和 Nanotechnology(2014，IF: 3.672, 1 区期刊，项目负责人第一作者，已标注)，申请发明专利2项。其中项目负责人提出的Sub tile结构被国际同行在 ACS 《Combinatorial Science》期刊发表的综述论文“Computational Approach to Nucleic Acid Origami”评价为 DNA 计算及可编程自组装领域自 1991 年发展至今的重要里程碑（important milestones）之一。