运用高通量富集测序技术研究绿壳蛋鸡繁殖性状和蛋品质的遗传机制

绿壳蛋鸡是国家重点保护品种，揭示绿壳蛋鸡繁殖性状的遗传机制是当前绿壳蛋鸡育种研究的重要课题。基于高通量富集测序技术的全基因组SNP检测技术是高通量、低成本检测SNP的新策略，基于基因集富集分析的全基因组关联分析方法是研究复杂性状遗传机制的新方法。二者应用在复杂性状研究中既能够检测出与性状关联的SNP标记又能够对检测出的SNP标记进行注释；同时，高通量富集测序技术与芯片方法相比，既弥补了芯片检测位点固定、试验成本较高、假阳性和假阴性率高等不足，又能够发现更多的SNP位点。本项目拟将二者结合起来对绿壳蛋鸡繁殖性状遗传机制进行研究，通过鉴定与繁殖性状关联的基因集、基因及SNP，揭示地方绿壳蛋鸡低繁殖力、高蛋品质的分子遗传机制，为提高绿壳蛋鸡繁殖性能，保持高蛋品质特性以及指导选种、选配提供理论依据，同时为研究中国地方品种鸡经济性状遗传机制提供参考。

绿壳蛋鸡是我国特有的国家重点保护品种，揭示绿壳蛋鸡繁殖性状的遗传机制对绿壳蛋鸡的保护与利用有着非常重要的意义。本项目开展了如下工作：一是完成了蛋鸡基因组SNP功能注释并构建了蛋鸡SNP注释数据库；二是建立了基于远交群体简化基因组与二代测序基因分型方法（简称GGRS）；三是对GGRS测序平台进行优化，并成功进行了鸡的超高通量简化基因组测序；四是开发了远交群体高通量富集测序缺失基因型填补系统软件；五是进行了绿壳蛋鸡繁殖性能与蛋品质的全基因组关联分析；六是基于支持向量机（SVM）的鸡全基因组pre-miRNA预测。