花生栽培种EST-SNP的开发

花生栽培种间由于缺乏有效的DNA标记而导致其遗传图谱构建、基因定位以及分子育种存在很大的局限性，开发有效的DNA标记是国际花生基因组计划的重要内容之一。单核苷酸多态性（SNP）由于分布广、检测效率高而成为近年来动植物分子育种研究的热点。本项目拟在前期大规模EST测序的基础上，通过比对拼接，提取符合SNP开发条件的候选EST簇，利用QualitySNP软件开发花生EST-SNP，并采用DNA扩增片段直接测序方法对候选SNP位点进行重测序验证，同时通过功能注释和统计分析，明确SNP在EST中的分布特征。最后利用SQL软件建立花生SNP数据库，并将SNP数据提交到GenBank。本项目的开展，将极大丰富花生栽培种分子标记的数量，为下一步进行高密度花生遗传图谱构建、基因定位、关联分析等研究打下基础。

本项目在前期大规模花生EST测序的基础上，通过对18个花生品种的296730条EST序列进行比对、拼接，共获得53489个EST簇，利用SNP开发软件QualitySNP从中发现3342个SNP位点。为验证EST-SNP的可信度，随机挑选100个含SNP位点EST簇，采用PCR对其进行重测序，结果发现多数EST-SNP来自A和B基因组间，少数来自基因组内。随后，对本项目开发的花生EST-SNP数据进行整理，利用SQL软件建立花生栽培种EST-SNP数据库。本项目极大丰富花生栽培种分子标记的数量，为下一步进行高密度花生遗传图谱构建、基因定位、关联分析等研究打下基础。