油棕种质资源的遗传评价及高含油量、高软脂肪酸基因资源的挖掘利用

油棕是一种重要的热带油料作物，含油量高达50%以上。传统上所说的棕榈油指从油棕果肉中提炼的毛油，由于其中一半为饱和脂肪酸（棕榈酸16:1），因而并不是一种很优质的食用油。本项目拟对收集的油棕种质资源农艺性状以及遗传特征（遗传多样性以及亲源关系）进行评估，筛选高含油量，高油酸以及高亚油酸的种质资源，为油棕资源的合理利用提供依据。此外拟在油棕中，发展AFLP和EST-SSR标记，并研究脂肪酸合成酶相关基因在油棕种质资源中的遗传变异；在此基础上，应用全基因组以及候选基因的关联分析，挖掘与含油量，高软脂肪酸连锁的分子标记，为提高油棕的含有量以及改变油脂成分提供分子依据。

油棕是一种重要的热带油料作物，因亩产油量高，而被称之为‘世界油王’。然而作为一种典型的木本作物，油棕的生活周期非常长，这给油棕的选育种工作造成了非常大的困难，发展与重要农艺性状紧密连锁的分子标记，将大大提高油棕选育种工作的效率。本研究为了在油棕中开发大量的SSR标记，我们首先对油棕的转录组进行了测序，测序总共获得了7千多万的短片段，这些短片段的平均长度为90 bp，采用Trinity软件，对这些短片段进行拼接，共获得51452个表达序列，这些表达序列的平均长度为702 bp。接着，采用msatfinder软件对这些表达序列进行扫描，总共获得5791个SSR位点，几乎10个表达序列，就有一个表达序列含有SSR位点，我们从中选取442个SSR位点，根据这些SSR位点的侧翼序列设计引物，并合成引物序列，我们应用这些引物对24个油棕资源进行PCR扩增，检测这些引物的多样性，182对引物在24个油棕资源的DNA中有扩增产物，并且扩增产物具有多态性，这182对引物，总共扩增了402个SSR等位基因，平均每个标记2.2个等位基因，这些标记PIC值最高为0.08，最高为0.65，平均为0.31。同时应用in-silico mapping，将这些油棕的多态性SSR标记定位到油棕的染色体上，这些标记分布于油棕的16条染色体上，其中第5染色体有20个SSR标记，而第9染色体只有3个SSR标记，平均每条染色体8.52个SSR标记。接着应用其中的10个SSR标记，对我们收集的192份油棕资源资源进行了遗传评价，并筛选适合关联分析的自然群体。.同时，我们从油棕的基因组注释与脂肪酸合成相关的基因，并根据这些基因的内含子设计IBP标记，一共找到52个酶基因，这些酶基因内含子的侧翼序列设计引物235对引物进行扩增，应用这IBP标记对72份没有群体结构的油棕资源的DNA进行PCR扩增，其中30对标记具有多态性，同时，我们也调查了这72份油棕资源脂肪酸性状，包括月桂酸、肉豆蒄酸、棕榈酸、油酸、硬脂酸，这些性状在这个油棕群体中展现了丰富的变异，基于以上的基因型和表现性数据，应用tassel软件，对二者进行了关联分析，我们发现了总共18个SSR标记与这6个性状连锁。