构建对应于香菇全基因组序列的连锁图谱及分析农艺性状QTL

香菇是经济价值最大的食用菌品种，我国的产量和出口量均占世界首位。为了进一步加强香菇育种研究，提升我国香菇品种的品质，需要在香菇遗传背景和育种技术方面展开深入系统的研究。.本项目运用全基因组规模的SNP分子标记，建立对应于香菇全基因组序列的高密度遗传连锁图谱，根据此研究结果中所获得的连锁图谱中分子标记的连锁关系，可以优化香菇全基因组序列组装中Scafford的相对位置。.通过侧交和回交方法建立两种杂交群体，对香菇农艺性状进行QTL定位研究，分析不同杂交群体对香菇QTL定位的影响。结合全基因组序列分析主效QTL位点中的候选基因，并寻找与候选基因相关联的SNP等分子标记。.本项目的研究成果有助于促进香菇功能基因组学研究，有助于建立一种发掘功能候选基因的新方法，有助于促进香菇分子辅助育种体系的建立。

随着我国香菇产业的快速发展，非常有必要深入地开展香菇遗传育种研究工作。香菇重要的经济性状多为数量性状，对于数量性状，目前比较常用的研究方法是对数量性状基因座进行定位分析，估计其遗传效应，并在此基础上开展分子标记辅助选择或其它分子育种等研究工作。.本研究以香菇135菌株的2个原生质体单核体135A和135B以及46个孢子单核体为材料，通过solexa高通量测序获得基因组序列。以135A的基因组序列为参考序列，通过对135B和46个子代的基因组序列和筛选，将2253个SNP标记和2个交配型位点定位在香菇遗传连锁图中，图谱包括14个连锁群，总长度为1553.78 cM，相邻SNP间平均距离为0.69 cM。.本研究以香菇栽培菌株Q135的46个单核体为定位群体，在基于全基因组序列构建的香菇高密度SNP连锁图上，利用复合区间作图(CIM)方法，检测到控制19个控制单核体菌丝生长速度的QTL，其中5℃、10℃、15℃、20℃、25℃、30℃温度下分别检测到3、2、5、4、1、4个，QTL的贡献率在6.47%-59.42%之间，其中贡献率大于20%的有14个，占总数的73.68%。单核体菌丝生物量和色素浓度都检测到2个QTL，其中有3个贡献率超过20%。控制单核体25℃下菌丝生长速度的数量性状位点qMMGR-9定位在连锁群LG9上18.32cM处，长度为9.733cM，连锁标记有18个SNP位点。利用4种双核体群体对控制双核体丝生长速度的QTL进行定位，共检测到到6个QTL，其中回交群中检测到3个，测交群体S和L以及SL群体都检测到一个QTL，这些QTL的方差贡献率在8.42%-35.45%之间，其中4个QTL贡献率超过20%。.利用3种双核体群体，对控制香菇的菇数、总产量和单菇鲜重的QTL进行检测，共检测到59个显著性QTL，分布在LG1-LG10及LG12等11条连锁群上，其中LG1上最多，有18个QTL，其次是LG2上和LG8上，各有8个QTL。这些QTL长度在0.3-48.4cM之间，方差贡献率在0.06%- 85.59%之间，其中贡献率超过20%的主效QTL有17个，占总数的28.81%。.本研究基于香菇全基因组序列构建了遗传连锁图，利用该遗传连锁图定位了有关香菇一些重要性状的QTL，所获得的研究结果为进一步开展香菇分子标记辅助育种提供了重要参考。