EB病毒相关胃癌病毒基因组全长序列测定

Epstein-Barr virus (EBV) is an important oncogenic virus which is associated with a variety of lymphoid malignancies such as Burkitt lymphoma and Hodgkin lymphoma, some epithelial malignancies such as nasopharyngeal carcinoma (NPC) and a subset of gastric carcinoma defined as EBV-associated gastric carcinoma (EBVaGC). Our research group has been engaged in the study of EBV in EBVaGC for a long time. By sequencing the BamHI-F region, BamHI-W1/I1 boundary region, LMP1, LMP2A, EBNA-1 and EBNA-3C fragments of EBV, we found that the EBV variants predominant in EBVaGC in Guangzhou are different from those in NPC and in healthy EBV carriers in the same area (PLoS ONE.2012;7(11):e50084, et al.), suggesting that there may be EBVaGC-associated EBV strains. This project intends to determine the full-length sequences of EBV genome in fresh EBVaGC tissues from Guangzhou using the next-generation sequencing technology, compare the EBV sequences from EBVaGC with those from NPC and lymphomas, and verify some important variations of EBV in 96 cases of paraffin EBVaGC specimens. The aims of this project are to obtain the first full-length sequence of EBV derived from EBVaGC, and to determine the EBVaGC-associated EBV variations. This could be of help in elucidating the role of EBV in the development of EBVaGC. In addition, it would also provides important information to a comprehensive understanding of the evolution and variation of EBV, the composition and regulation of EBV genes, and the development of vaccines towards EBV-associated diseases.

EBV是重要的致瘤病毒。课题组前期对广州地区EBV相关胃癌（EBVaGC）中EBV BamHI-F片段、BamHI-W1/I1片段、LMP1、LMP2A、EBNA1和EBNA-3C等多个重要片段序列研究发现，广州EBVaGC中EBV序列与该地区鼻咽癌、正常人群中不同（PLoS ONE.2012;7(11):e50084, et al.），提示可能存在EBVaGC变异型EBV株。这是EBV基因序列的新发现。本课题拟采用新一代测序技术对广州新鲜EBVaGC标本中EBV基因组全长序列进行测定，比对分析其与鼻咽癌、淋巴瘤中EBV序列之间的差异，并在96例EBVaGC石蜡标本上验证某些重要位点的变异。旨在获得世界上第一个EBVaGC中EBV全长序列，确定EBVaGC变异型EBV株，为阐明EBV致EBVaGC的机制奠定基础；同时也为全面了解EBV的进化与变异、基因组成及调控，疫苗研发等提供重要信息。

EBV是重要的致瘤病毒。在本基金资助及课题组成员共同努力下，本课题采用新一代测序技术对EBV相关胃癌（EBVaGC）中EBV基因组全长序列进行测定，获得四个EBVaGC中EBV全长序列（GDGC1、GDGC2、YCCEL1和SNU-719），通过比对分析其与已知EBV序列之间的差异，我们发现EBVaGC特有、其他EBV基因组不存在的基因变异都位于LF3基因，提示LF3基因可能在EBV致EBVaGC中起重要作用。以上结果丰富了我们对EBV序列及变异的认识，为阐明EBV致EBVaGC的机制奠定基础。.此外，在本基金资助下，我们还在EBVaGC分子病理及肝细胞癌分子标记物方面进行研究，有如下发现：1. EBV阳性胃淋巴上皮瘤样癌的临床病理特征、EBV潜伏类型及病毒基因组多态性与普通型EBVaGC基本相似，但是EBV阳性胃淋巴上皮瘤样癌中的EBNA1亚型与普通型EBVaGC不同；另外，EBV阳性胃淋巴上皮瘤样癌总是显示出大量淋巴细胞浸润以及更好的预后；表明EBV阳性胃淋巴上皮瘤样癌是EBVaGC中的一种特殊亚型。这是世界上第一次针对EBV阳性胃淋巴上皮瘤样癌中EBV潜伏类型和基因组多态性的系统研究。2. EBVaGC中调节性T细胞（Tregs）数量较EBV阴性胃癌明显增多，其可能机制为：（1）EBVaGC分泌的CCL22对Tregs的趋化增多；（2）CCR7下调导致EBVaGC肿瘤浸润Tregs向外周迁移减少；（3）EBVaGC中Tregs增殖增多；（4）EBVaGC中Tregs凋亡减少。该部分结果为进一步研究EBVaGC肿瘤中Tregs和杀伤性T细胞之间的平衡从而为EBVaGC的免疫治疗提供了理论基础。3. Survivin、NF-κB、OPN和αvβ3均在肝细胞癌组织中表达升高，且其高表达与肝细胞癌患者预后差相关，可作为肝细胞癌预后标志物。.共发表SCI论文5篇，影响因子均在3分以上，总影响因子19.669，单篇最高影响因子5.228。协助培养研究生6名，包括3名硕士和3名博士，均已顺利毕业。