北京地区MSM人群HIV-1传播耐药株的演变规律研究

Transmitted drug resistance (TDR) is the main reason for the failure of initial antiretroviral therapy (ART).But failure of ART is not uncommon in TDR negative patients, which always make clinicians confused. Our previous studies hint that, after TDR transmitted to the new host, they can reverse to wild strains but will persist in the form of low-level replication (Minority Variants of Drug-Resistant HIV, Minority Variants). These Minority Variants usually are undetectable by conventional methods (bulk population sequencing) resulting in increased failure rate ART in the future. However, there are very few studies focused on the evolution of TDR due to the difficulty of identifying patients in acute infection period. The present study intends to screen TDR among 50 patients with acute or recent HIV infection diagnosed from a MSM cohort, detect TDR in their 0-48 month series of plasma samples, summarize the gene evolution characteristics of various resistance mutations; By the analysis of gene evolution of virus quasispecies, exploring the possible influence of other genetic factors, such as virus subtype, wild virus co-infection, quasi genetic divergence, et al ; Plasma samples of patients with treatment success and patients with treatment failure will be analyzed by HTS to look for the prevalence of Minor Variants among primary infected patients, and explore the correlation between these Minority Variants and the treatment failure. The aims of this study are to investigate the evolution characteristics of TDR and its effect on the primary antiviral therapy ,to provide a theoretical basis for developing strategies to combat primary drug resistance and the proper selection of clinical antiretroviral regimen.

由传播而获得的原发耐药（传播耐药，TDR）是HIV初始抗病毒治疗失败的主要原因，但临床上常有TDR阴性感染者发生治疗失败现象。前期研究提示：TDR在传播到新宿主后会向野毒株反转（回复突变），但仍留有低水平的劣势耐药株持续复制，造成常规方法漏检，导致治疗失败。为进一步了解北京地区常见TDR的演变特点及其对抗病毒治疗的影响，本课题拟在我院建立的男男性接触人群随访队列中筛查携带TDR的HIV急性/近期感染者，对其治疗前的系列血标本进行TDR动态检测和量化分析，力求阐明TDR在自然免疫压力下的基因演变特征；通过病毒准种基因进化分析，探讨病毒亚型、野毒株共感染、准种间基因离散率等因素对TDR演变的影响；并对部分TDR阴性治疗成功和失败患者的基线标本进行劣势耐药株检测，分析其对抗病毒治疗的影响。本研究旨在揭示TDR病毒株的演变规律，为原发耐药检测策略的制定及临床合理选择初始抗病毒治疗方案提供理论依据。

背景：传播耐药（TDR）可以显著增加患者初始抗病毒治疗失败的风险，因此，抗病毒治疗指南建议：所有新发感染者在治疗前都应进行TDR检测。但是，临床上却发现有很多TDR阴性的患者同样发生了不能用其他原因解释的初始抗病毒治疗失败，对临床医生造成困扰。.既往研究发现，继发耐药突变株在停药后会快速反转为野毒株，却会留有低水平复制的劣势耐药株。但这种劣势耐药株常被常规检测方法漏检，但大大增加将来治疗失败的风险。如果TDR在传播到新宿主后也很快衰减为劣势耐药株而持久存在，仅使用常规方法检测也同样会造成这些劣势耐药株漏检，从而增加患者今后初始抗病毒治疗失败的风险。.主要研究内容：本研究借助我院急性感染者队列的资源优势，完成了550位急性/近期 HIV 感染者的 TDR 检测，初步总结了我国北京地区MSM人群HIV感染者中主要TDR流行率及突变模式的演变特点。同时利用新一代的耐药检测技术，对这些TDR进行定量监测，并探索HIV原发感染者中的劣势耐药株对抗病毒治疗的影响。.主要结果：结果发现TDR总的流行率为7.8%，NRTI、NNRTI、PI类药物相关的TDR流行率分别为0.9%、1.7%和6.2%，有2.4%的患者被预测会对国内推荐的一线抗病毒药物显著耐药。通过常规耐药检测方法，观察了20例急性/近期感染者22个TDR的动态变化（随访时间24-51个月），有27.3%（6/22）的TDR由阳性转为阴性。进一步使用深度测序定量检测，发现各耐药突变株在随访过程中百分比和绝对量都有减少，且2个耐药株由优势病毒株变为劣势耐药株。但未发现劣势耐药株对治疗效果的影响，DNA检测的耐药信息多于RNA的检测信息。同时，本研究还建立了通过env和gag区序列测定来构建系统化树，用以探索MSM人群传播网和病毒演变动力学方法。.主要科学意义：本研究在劣势耐药株检测这一领域的研究起到了很好的铺垫作用，其成果在全国的推广也将给给临床医生在初始抗病毒治疗药物选择、暴露后预防药物预防方案的选择，及原发耐药检测策略的制定等方面提供线索，避免抗病毒治疗失败的发生，减少耐药、节约医疗资源。