贡山独龙鸡遗传多样性及适应性进化研究

Dulong chicken is an endangered unique native chicken breed distributed in Gong Shan county of Nujiang in Yunnan. It has been listed in the national livestock and poultry genetic resources catalogue because of numerous excellent traits. However, rarely studies has been conducted on genetic diversity and local adaption of Dulong chicken so that germplasm preservation is urgent and the development of excellent traits will be restricted accordingly . In this project we will perform resequencing technology (15×) to obtain genomic-level single nucleotide polymorphism (SNP) of Dulong chicken across all the populations, to detected population genetic diversity and population structure, population evolutionary history, as well as natural selection genes. This project will deepen our understanding of the population genetics and evolutionary history of Dulong chicken, not only providing information that can be applied to genetic resource protection and utilization but also has important academic research value of analyzing its adaptive evolution.

独龙鸡是云南怒江贡山的一个濒危特有地方鸡种，具有多种优良性状，已被列入国家畜禽遗传资源目录。但迄今鲜见独龙鸡种群的遗传背景和进化机制研究报道，其种质资源亟待维系，优良性状开发极大受限。本项目拟通过基因组重测序（15层）技术对独龙鸡开展群体遗传学研究。通过检测独龙鸡的单核苷酸多态性(SNP)，评估独龙鸡的居群遗传多样性和分布格局，重现其种群进化历史，为其种质资源保护、群体进化潜力提供依据；通过检测群体选择压力和异常SNP位点，鉴定出独龙鸡与环境适应的相关基因，为挖掘优良性状相关基因和品种改良培育提供线索。本项目针对云南特色种质资源的保护和利用，力求深入探讨独龙鸡群体进化历史和适应性进化机制，研究结果对独龙鸡的遗传育种具有广阔生产应用前景，对于解析其环境适应性进化具有重要学术研究价值。

独龙鸡（DLCs）是云南怒江贡山的一个濒危特有地方鸡种，具有多种优良性状，已被列入国家畜禽遗传资源目录。它生活在高海拔（~3000m）和高湿度（~90%）地区，进化形成独特的生理特征，但其遗传基础尚不清楚。本研究从保护优质地方鸡品种、挖掘特色优质基因出发，以独龙鸡为对象，主要通过全基因组重测序技术获取独龙鸡全基因组数据并联合家鸡祖先红色原鸡全基因组数据综合分析，使用固定指数法（Fst），筛选出独龙鸡受选择基因，将独龙鸡受到显著正选择的基因进行综合分析，旨在揭示独龙鸡群体全基因组结构和在驯化过程中参与选择的候选基因。结果主要包括以下几个方面：（1）在独龙鸡中一共有469个基因受到选择；（2）初步推测独龙鸡抗病性的潜在候选基因；（3）初步筛选出独龙鸡对当地特殊气候环境（约3000m高海拔、年均湿度90%高湿度）适应性候选基因（FGF10基因和NFIB基因）；（4）初步筛选推测出独龙鸡经济性状（产蛋数量）的候选基因（KIF18A基因）；（5）初步预测独龙鸡小体型、斗性和视力受到正选择的候选基因。其次，为探讨独龙鸡的遗传结构及其与其它地方鸡种的进化关系，我们共分析了343个地方鸡种样本的线粒体控制区，其中59只来自独龙鸡，284只来自其它8个地方品种，定义了42个单倍型的突变位点。最大的遗传变异在石棉草科鸡和彭县黄鸡。系统发育分析显示，这些本地鸡主要分布在两个西南分支中，独龙鸡与其它本地鸡关系密切，同时也表明，独龙鸡只有一个母系血统。最后，我们分析了24周龄独龙鸡（21公，14母）的13项血液生理指标和同周龄独龙鸡（7公，15母）的16项血液生化指标；并与同批次铁脚麻鸡以及文献报道的其它鸡种的血液生理生化指标进行了比较分析；观察了不同性别独龙鸡血细胞的形态及其大小差异；探究了独龙鸡屠宰性能和其肉品质的相关性以及孵化性能。