中国骆驼父系和母系起源的分子特征与系统进化研究

骆驼是沙漠和荒漠地区的重要畜种，受现代交通、农业发展和驼产品开发的影响，养驼业发展受阻，驼存栏量急速下降。理清骆驼起源系统，为有效地保护其遗传资源奠定基础。以南疆驼、北疆驼、东疆驼、河西驼、青海驼、阿拉善驼、苏尼特驼、单峰驼8个地方群体750峰个体为研究对象，采用mtDNA Cytb、D-loop区序列测序分析，揭示mtDNA基因在中国骆驼群中的多态分布与流动模式，解析骆驼群体间遗传关系和母系起源系统问题；同时以8个地方群体380峰公驼为研究对象，采用PCR、STR荧光分型、克隆测序及生物信息技术，设计Y-STR与Y-SNP标记，选择遗传差异大的品种制成DNA池，筛选Y染色体多态标记，全面揭示骆驼品种的Y-STR、Y-SNP和Y-indels多态性，分析其Y染色体单倍型、遗传多样性、分子进化特征；探索Y-染色体标记作为鉴定不同驼品种纯度与来源的可行性，解析中国骆驼父系起源系统与进化问题。

受现代交通、农业发展和驼产品开发的影响，养驼业发展受阻，驼存栏量急速下降。理清骆驼起源系统，为有效地保护遗传资源奠定基础。以南疆驼、北疆驼、东疆驼、河西驼、青海驼、阿拉善驼、苏尼特驼7个地方群体590峰个体为研究对象，利用mtDNA Cytb序列分析，其基因全长1140bp，均以ATG为起始密码子，以AGA为终止密码子，中间无插入、缺失或终止密码子。A、T、C、G碱基的平均含量分别为29.01%、27.81%、28.17%、15.01%，A+T的含量明显高于G+C的。密码子第2、3位有较强的碱基组成偏向性。共检测出25个核苷酸变异位点，约占核苷酸总数的2.19%，平均碱基差异数为2.0712，核苷酸多样度为0.0018；25个突变位点中有23个转换（占92%），2个颠换（占8%），转换/颠换为7.663；共检测出22种单倍型，单倍型多样度为0.846。说明中国家驼Cytb基因的遗传多样性较为丰富；NJ、UPGMA聚类和网络分析，中国家驼聚为一个类群，野生双峰驼、单峰驼和羊驼各聚为独立类群。. D-loop区序列分析，A、T、C、G的平均含量分别为27.67%、26.68%、26.97%、18.68%，A+T的平均含量高于C+G的。共检测出18个突变位点，约占核苷酸总数的2.69%；核苷酸多样度为0.0029，平均碱基差异数为1.935，18个突变位点中有14个转换（占72.22%），4个颠换占（27.78%），转换/颠换为2.669；定义了22种单倍型，单倍型多样度为0.803。Tajima's D值为-1.0288（P>0.10），说明中国家驼D-loop序列进化符合中性选择，NJ和UPGMA系统聚类分析与mtDNA Cytb序列测序研究结果一致。. 对7个地方群体260峰公驼43个Y-STR特异的基因片段进行扩增测序分析，未检测到多态位点，中国家驼Y染色体变异水平较低，父系起源较单一。USP9Y-STR1为骆驼特有，且有多态。. 对32个Y-SNP特异的基因片段进行扩增测序分析，未检测到多态位点。中国驼Y染色体变异水平较低，父系起源较单一。. 由此可知，中国家驼群体遗传多样性丰富；起源单一，没有形成分化；与野生双峰驼类群形成独立分化；家驼不是由野生驼驯化来的，其祖先与野生驼祖先是独立的亚种；与单峰驼、羊驼各为独立分支，亲缘关系较远。