基于高通量DNA分子标记的鱼类景观遗传分析

水利工程造成长江干流、江湖水体阻隔和鱼类生境破碎，导致鱼类遗传多样性和种群生存力降低，是全球关注和争论的焦点之一。但是，水利工程背景下流域景观格局对鱼类遗传多样和种群生存力的影响机制和程度、以及不同类型鱼类的响应机制和程度如何，至今仍缺乏深入研究。本研究基于自主开发的高通量微卫星DNA分子标记方法，选择流域中阻隔条件下10个典型的斑块和4种代表性鱼类进行空间大尺度取样，通过高通量的分子标记及常规群体遗传学分析研究不同习性鱼类的空间遗传格局。同时通过现场考查、文献调研等手段探明各斑块的景观格局（如阻隔时间、斑块面积和连通性等）。在此基础上对鱼类的空间遗传格局和斑块的景观格局进行相关性分析，以回答上述科学问题。本研究可推动景观遗传学在流域研究中的发展，有助于定量评估水利工程建设对鱼类生物多样性与种群生存的影响。研究成果还可为人工繁殖放流、鱼类DNA分子标记指纹图谱和高密度遗传图谱建立提供支持。

水利工程造成长江干流、江湖水体阻隔和鱼类生境破碎, 导致鱼类遗传多样性和种群生存力降低, 是全球关注和争论的焦点之一。但是, 水利工程背景下流域景观格局对鱼类遗传多样和种群生存力的影响机制和程度、以及不同类型鱼类的响应机制和程度如何, 至今仍缺乏深入研究。本项目围绕这一问题开展以下内容研究：.(1) 通过渔获物调查及分析发现, 蛇鮈符合作为江湖连通指示物种的要求, 还发现和蛇鮈是景观遗传、景观生态研究极佳的材料。.(2) 通过两种基于GS-FLX Titanium系统的高通量微卫星DNA分子标记开发的方法, 分别为和蛇鮈开发了大量的微卫星标记。一种是基因组454测序法，另一种是改进的微卫星富集文库454测序法。利用基因分型方法分别为和蛇鮈验证筛选了60和40对多态性好的微卫星引物。同时发现微卫星在两种鱼类基因组中的一些分布规律。. (3) 利用长江流域中两种代表性鱼类（洄游型和定居型）在13个代表性斑块（干流5个江段共采集5个群体、10个湖泊中共采集18个群体，部分斑块有未采集到样本的情况）开展景观遗传学研究。.本研究可推动景观遗传学在流域研究中的发展, 有助于定量评估水利工程建设对鱼类生物多样性与种群生存的影响。研究成果还可为人工繁殖放流、鱼类DNA分子标记指纹图谱和高密度遗传图谱建立提供支持。