分析基因组关联研究数据识别阿尔茨海默和帕金森疾病相关的风险位点和遗传通路

Alzheimer's disease (AD) and Parkinson's disease (PD) are the most and the second common and complex neurodegenerative diseases in the elderly, respectively. The complex genetic architecture of AD and PD makes genetic analysis difficult. Recently, genome-wide association studies (GWAS) have been widely used to investigate AD and PD common variants. These newly identified loci have yielded important new insights into the genetic mechanisms of AD and PD. However, few shared genetic loci were reported AD and PD. In this study, we think that there may be shared risk loci and pathways in AD and PD. In order to confirm this view, we collected and identified all the identified AD and PD risk loci and pathways by article search and pathway analysis of AD and PD GWAS. We verified these shared risk loci using the data from Chinese Han. Meanwhile, we used the data from GEO to investigate whether these genetic pathways are deregulated in AD cases. We believe that our results may advance the understanding of AD and PD mechanisms and will be very useful for future AD and PD early diagnosis and prevention.

阿尔茨海默病 （Alzheimer's disease，AD）和帕金森病（Parkinson's disease， PD)分别是第一和第二种常见的神经系统退行性疾病。它们复杂的遗传结构使得传统的遗传分析更加困难。近来，基因组范围的关联研究逐步兴起并用来识别常见的AD和PD变异。这些新找到的位点进一步加快了我们对这两种疾病机制的理解。我们注意到，前期的研究很少有报道这两种疾病共有的位点。本研究中，我们认为AD和PD可能会有共享的疾病位点和遗传通路。为了证实这一观点，我们搜集、识别目前研究报道的所有的AD和PD位点和遗传通路。我们利用中国人群的数据，进一步验证这些共享的位点。我们利用GEO中的数据进一步探索共有遗传通路是否在AD和PD个体中出现显著的失调。我们相信这一结果会加速我们对AD和PD共享疾病机制的理解。同时通过识别失调的遗传通路，对AD和PD的早期诊断和预防起到重要作用。

阿尔茨海默病（AD）和帕金森病（PD）是老年患者中最常见的两种神经退行性疾病。尽管这些疾病具有共同的临床和病理特征，但潜在的遗传机制仍然模糊不清。我们认为AD和PD之间由于平行的遗传途径而可能有所联系，所以利用全基因组关联研究（GWAS）进行了深入的分析。为此，我们应用了两种已发表的基于基因的策略，即“最佳SNP（单核苷酸多态性）”法和荟萃分析法。利用从最佳SNP法中得到的基因，我们确定了35个共享的细胞通路，其中大部分与免疫系统和疾病、周边环境信息处理、细胞过程、传染病和癌症有关。使用从meta分析法中得到的基因，我们也发现了12个共享的通路，包括与免疫系统和疾病、环境信息处理、细胞过程和传染病有关。利用这两种方法，我们进一步确定了9个信号途径，特别是两种免疫途径：白细胞跨内皮迁移（hsa04670）和造血细胞谱系（hsa04640）。利用AD和PD表达数据集，我们进一步发现9个共享通路中的7个和4个通路的基因表达发生了改变。我们新发现的结果可能定义了AD和PD之间相关联的潜在遗传机制。