PVRL1基因SNP与环境交互作用和非综合征唇腭裂的关联性研究

非综合征唇腭裂（NSCL/P）的遗传和环境病因及其发病机制是出生缺陷病因学研究的热点。本项目采用以人群为基础的家系病例对照研究设计，调查患儿父母的孕期环境暴露因素，筛选出高危环境因素。并从中随机抽出NSCL/P患者3人核心家系，通过病例-对照，行PCR扩增、高效液相色谱和DNA测序的方法，寻找PVRL1在NSCL/P患者中可能的突变位点，行PVRL1单倍型分析以及遗传连锁不平衡和传递/不平衡检验，揭示PVRL1的SNP单倍型。通过单因素与多因素统计方法，探讨PVRL1基因SNP与环境交互作用和NSCL/P的关联性研究，研究结果可进一步揭示NSCL/P的分子病因，有助于阐明其发病机理，同时为暴露于可疑因素或具有某种遗传特质的人群提出针对性预防措施提供依据。

研究目的:本研究的第一部分旨在中国南方汉族人群染色体1p22和20q12上重复验证此前全基因组关联分析所报道的10个单核苷酸多态性（SNP）与非综合征型唇腭裂（NSCL/P）的关联。材料和方法:一，收集305例NSCL/P患者和356例表型正常的对照者，进行病例-对照研究；二，收集176例患儿-健康父母亲三人核心家系，进行核心家系研究。研究采用基质辅助激光解析——电离飞行时间质谱分析法对10个此前报道的SNP位点进行基因分型。应用卡方检验、非条件回归模型、传递不平衡检验来分别检测不同基因型与NSCL/P的关联。最后，我们合并了此前文献报道的两个SNP位点rs560426/1p22和rs13041247/20q12的数据于本次研究的数据中，采用meta分析评价这两个位点与NSCL/P的关联。结果:染色体1p22区域的SNP：rs560426、rs2151846和rs61748549与中国南方汉族人群NSCL/P发病不存在显著关联；而染色体20q12区域的SNP：rs6072081、rs17820943、rs13041247、rs11696257和rs6102085均与南方汉族人群唇腭裂发病存在显著关联。meta分析的结果显示染色体1p22上的SNP rs560426和染色体20q12上的SNP rs13041247均与NSCL/P发病存在关联。背景与目的:第二部分主要研究PVRL1基因是否与南方汉族人群的NSCL/P发病相关。材料和方法:在病例-对照关联研究阶段，总计45个标签单核苷酸多态性（tagSNP）位点在470个NSCL/P病例组和693个正常对照组中应用基质辅助激光解析——电离飞行时间质谱分析法进行基因分型。应用卡方检验比较病例组和对照组的等位基因、基因型分布差异；应用条件回归模型和t统计量评价次等位基因的是否存在NSCL/P致病的剂量依赖遗传效应。在外显子测序阶段，我们对PVRL1基因α亚型的编码序列在45个NSCL/P三人核心家庭进行直接测序。结果:在进行基因分型的45个SNP中，只有一个SNP——rs7128327显示了趋向于与NSCL/P发病存在关联。但是，在进行多重比较的校正之后，这个结果开始变得没有显著性。相似的，随后的滑动窗口单体型分析无论包含2个、3个或者4个SNP，均未能成功检测到任何阳性关联。而测序阶段同样没有检测出任何新的稀有变异。