系统地分析coiled coil介导的蛋白质相互作用

我们将发展一个新的计算方法,即开发一个新的计算平台,在整个蛋白质组水平上预测由特定结构域介导的蛋白质之间相互作用。为此, 我们首先瞄准酵母蛋白质组中由α-螺旋形成的超螺旋,即coiled coil，介导的蛋白质之间的相互作用。在理论计算部分，我们将综合数据挖掘的一般方法和与coiled coil结构特性相关的特定方法来预测coiled coil介导的专一性相互作用。在实验部分，我们将利用酵母双杂交和噬菌体展示等方法来验证我们预测的结果，同时，也将利用实验系统地分析一些coiled coil之间的相互作用来改进计算方法。这项研究将帮助我们推测和构建一个coiled coil 介导的蛋白质相互作用网络，从而深入了解蛋白质网络形成的机制，为今后发现含coiled coil蛋白质新功能、通过蛋白质设计控制coiled coil的形成来防止HIV和其它病毒的传染以及调控蛋白质网络提供理论和实验依据。