真核模式生物基因关联网络进化研究

相比微生物，真核生物的基因关联网络有其独特的属性，这体现在利用基因关联网络构建物种演化关系时，真核生物，尤其是后口动物，在系统发育树上明显的离群效益。因此，我们需要对真核模式生物基因关联网络的进化进行深一步的研究。在本项目申请中，我们将通过利用基因组上下文关联网络，共表达网络和贝叶斯整合网络三种方法重构八种真核模式生物的基因关联网络，评估这些网络在不同物种间的同质性，定义和实现网络水平的基因节点、基因关系、生物通路的进化保守性，重构一些关键祖先节点的基因关联网络，然后参照真核模式生物系统发育树，描绘出这些基因网络的进化轨迹，以期对一些传统的进化结论进行补充和更好地认识基因关联网络在真核生物进化中的特殊性质。

通过真核生物的基因关联网络的比较分析，我们可能回答真核生物的一些重要的生物学现象。因此，我们收集了八种真核模式生物的基因关联网络，评估网络同质性，定义和实现网络水平的基因节点、基因关系、生物通路的进化保守性，开发相应的分析算法。我们发现在基因关联网络形成中基因重复现象由不同的效应控制，同时真核生物演化过程中，非基础功能的生物学通路起来很重要的作用，比如细胞分裂相关的功能模块。此外，依据类似生物网络进化保守性的方法，我们可以为识别癌症发生过程的关键基因，新测物种的重要通路方面提供思路。