紫扇贝与海湾扇贝种间杂交后代重要性状相关QTL的定位

海湾扇贝目前是我国北方养殖规模最大的贝类，且生长快、温度耐受范围广，但个体较小，寿命短，而紫扇贝具有个体大、生长快和寿命长的特点，由于两种扇贝同属、染色体数相同且性状互补，将两种扇贝进行种间杂交可以培养出个体大、生长快、温度适应范围广、寿命长的新品系。本项目拟通过高通量454 转录组测序技术筛选大量可同时在海湾扇贝和紫扇贝扩增的SNP标记，结合微卫星标记构建一个中高密度的遗传连锁图谱，并定位与生长和寿命有关的QTL，为分子标记辅助育种和长寿机理研究打下基础。

海湾扇贝(Argopecten irradians)和紫扇贝(Argopecten purpuratus)的成功杂交为贝类杂种优势的研究提供了新的材料。本研究分别从基因组和转录组水平上对海湾扇贝、紫扇贝及其杂交贝进行了研究，以期为贝类杂种优势研究提供更多的线索和参考。.本研究构建了一个海湾扇贝×紫扇贝杂交家系和一个海湾自交家系，并对两个家系进行了2b-RAD文库的构建和Solexa测序，并对两家系的亲本和各子代进行了SNP分型。杂交家系中共获得1696个SNP，自交家系中共获得4058个SNP。将两个家系的SNP进行对应，获得共享SNP 1149个。利用这些SNP标记，分别构建了海紫杂交家系和海湾自交家系的高密度遗传连锁图谱。杂交家系中，海湾扇贝的遗传连锁图谱包含2994个标记，覆盖16个连锁群，平均每个连锁群具有187个标记，图谱总长度为948.0cM，平均图距达到0.32cM，图谱覆盖率达到99%。紫扇贝的遗传连锁图谱包含1583个标记，覆盖16个连锁群，平均每个连锁群具有99个标记，图谱总长度为800.5cM，平均图距为0.51cM，图谱覆盖率达到98%。两个图谱均达到高密度水平，其中紫扇贝的图谱为首次构建。.利用海湾扇贝和紫扇贝的图谱成功定位到了3个与生长相关的QTL位点，其中2个与闭壳肌重有关，分别位于海湾扇贝的11号连锁群和紫扇贝的2号连锁群上，1个与体重有关，位于紫扇贝的2号连锁群。此外还定位到了一个与壳色相关的QTL位点，位于海湾扇贝的2号连锁群。自交家系中，海湾扇贝的图谱包含1437个标记，分布在16个连锁群上，图谱总长度为831.9 cM，平均间隔为0.59 cM，覆盖度为97.5%。利用该图谱还定位到了一个与体重有关的QTL位点，位于3号连锁群上。. 本研究还分别构建了海湾扇贝、紫扇贝及杂交贝闭壳肌的RNA-seq文库，Solexa测序获得三种扇贝的数据量分别为13.9 Gb、12.9 Gb、36.7 Gb。海湾扇贝拼接获得86,740条unigene，14,944条获得注释信息，紫扇贝拼接获得62,014条unigene，14,885条具有注释信息。杂交贝与两亲本的基因差异表达分析发现，杂交贝表达谱与紫扇贝间具有更高的相似性。根据杂交贝与海湾扇贝差异表达基因的富集分析结果，杂交贝可能通过产生更多的能量或通过降低免疫反应来节约更多能量提供给